PDB-7f8k: Room temperature structure of bacterial copper amine oxidase dete...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f8k

タイトル

Room temperature structure of bacterial copper amine oxidase determined by serial femtosecond crystallography

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / topaquinone copper serial femtosecond X-ray crystallography radiation-damage-free

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Microcrystal preparation for serial femtosecond X-ray crystallography of bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Suzuki, M. / Arima, T. / Sugahara, M. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Iwata, S. / Nango, E. / Tono, K. / Hayashi, H. / Fukui, K. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f8k.cif.gz	165.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f8k.ent.gz	108.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f8k_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f8k_full_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示
XML形式データ	7f8k_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	7f8k_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2e2t-d 1rjo-d 1avl-d 2bt3-d 2cg0-d 1av4-d 3kn4-d 1sii-d 1w6c-d 1avk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

70.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.750, 64.740, 93.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.330, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-938- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase / copper amine oxidase 分子量: 70752.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 詳細: 1.05 M potassium-sodium tartrate in 25 mM HEPES buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.771 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.771 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 87284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 147.3 % / B_iso Wilson estimate: 49.62 Å² / CC_1/2: 0.9858935 / Net I/σ(I): 7.76
反射シェル	解像度: 2.2→2.278 Å / Num. unique obs: 8717 / CC_1/2: 0.6180976

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3958	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.2→19.96 Å / SU ML: 0.2447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.1957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	4374	5.01 %
R_work	0.1542	82910	-
obs	0.1555	87284	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4868	0	1	175	5044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	5019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8893	6843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0551	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0094	912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3701	696

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.3355	147	0.3276	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.22-2.25	0.3526	142	0.3102	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.25-2.28	0.3457	147	0.3121	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.28-2.31	0.3136	146	0.2651	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2702	146	0.2423	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.2427	146	0.2268	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.4	0.2334	147	0.2165	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.2495	141	0.2162	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2737	147	0.2171	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.52	0.2333	149	0.2146	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.52-2.56	0.2638	145	0.2154	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.61	0.2241	148	0.1992	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.61-2.66	0.2449	143	0.1919	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.71	0.214	143	0.1932	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.71-2.77	0.2298	148	0.1925	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.83	0.2531	147	0.1958	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.91	0.257	142	0.1856	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.98	0.2537	148	0.1902	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.07	0.2059	147	0.1799	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.07-3.17	0.1878	144	0.175	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.28	0.208	149	0.1652	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.41	0.1911	144	0.1587	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.57	0.1653	147	0.1428	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.75	0.1608	137	0.1358	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.99	0.1782	146	0.1276	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.29	0.1307	149	0.122	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.72	0.1176	146	0.106	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.39	0.1346	149	0.1109	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.39-6.75	0.1169	150	0.1274	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.9
6.75-19.96	0.1288	144	0.1252	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.76

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)