PDB-7f8i: Crystal structure of HPV6 L1 pentamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f8i

タイトル

Crystal structure of HPV6 L1 pentamer

要素

Major capsid protein L1

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 6 (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.366 Å

データ登録者

Wang, Z.P. / Wang, D.N. / Gu, Y. / Li, S.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HPV6 L1 pentamer
著者: Wang, Z.P. / Wang, D.N. / Gu, Y. / Li, S.W.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7f8i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7f8i_validation.pdf.gz	531.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f8i_full_validation.pdf.gz	590.9 KB	表示
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CIF形式データ	7f8i_validation.cif.gz	180.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f8i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2r5kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

F: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

551 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major capsid protein L1

B: Major capsid protein L1

F: Major capsid protein L1

H: Major capsid protein L1

I: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
275 kDa, 5 ポリマー

2

C: Major capsid protein L1

D: Major capsid protein L1

E: Major capsid protein L1

G: Major capsid protein L1

J: Major capsid protein L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
275 kDa, 5 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	308.956, 106.663, 198.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.960, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
2	1	(chain B and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
3	1	(chain C and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
4	1	(chain D and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
5	1	(chain E and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
6	1	(chain F and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
7	1	(chain G and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
8	1	(chain H and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
9	1	(chain I and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))
10	1	(chain J and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain A and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	A	A	12 - 160	15 - 163
1	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain A and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	A	A	174 - 460	177 - 463
2	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain B and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	B	B	12 - 160	15 - 163
2	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain B and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	B	B	174 - 460	177 - 463
3	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain C and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	C	C	12 - 160	15 - 163
3	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain C and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	C	C	174 - 460	177 - 463
4	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain D and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	D	D	12 - 160	15 - 163
4	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain D and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	D	D	174 - 460	177 - 463
5	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain E and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	E	E	12 - 160	15 - 163
5	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain E and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	E	E	174 - 460	177 - 463
6	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain F and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	F	F	12 - 160	15 - 163
6	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain F and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	F	F	174 - 460	177 - 463
7	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain G and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	G	G	12 - 160	15 - 163
7	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain G and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	G	G	174 - 460	177 - 463
8	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain H and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	H	H	12 - 160	15 - 163
8	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain H and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	H	H	174 - 460	177 - 463
9	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain I and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	I	I	12 - 160	15 - 163
9	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain I and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	I	I	174 - 460	177 - 463
10	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain J and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	J	J	12 - 160	15 - 163
10	2	CYS	CYS	SER	SER	(chain J and (resid 12 through 160 or resid 174 through 460))	J	J	174 - 460	177 - 463

#1: タンパク質	Major capsid protein L1 分子量: 55098.113 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 6 (パピローマウイルス) 遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9W9C6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Succinic acid pH 5.5, 9.5% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 123.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.36→50 Å / Num. obs: 70378 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.8 % / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 3.36→3.42 Å / Num. unique obs: 6595 / R_sym value: 0.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2R5K

2r5k

解像度: 3.366→33.877 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2939	3590	5.11 %
R_work	0.256	66631	-
obs	0.2579	70221	94.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 270.41 Å² / B_iso mean: 105.4797 Å² / B_iso min: 41.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.366→33.877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32368	0	0	0	32368
残基数	-	-	-	-	4130

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	2	B	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	3	C	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	4	D	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	5	E	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	6	F	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	7	G	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	8	H	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	9	I	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL
1	10	J	19471	X-RAY DIFFRACTION	8.936	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.3665-3.4107	0.347	120	0.3558	2109	78
3.4107-3.4574	0.3847	138	0.347	2572	96
3.4574-3.5068	0.3978	140	0.3452	2583	97
3.5068-3.5591	0.3624	157	0.3291	2635	97
3.5591-3.6146	0.3694	149	0.3225	2591	97
3.6146-3.6738	0.4024	133	0.3122	2632	96
3.6738-3.7371	0.3381	138	0.3115	2551	96
3.7371-3.8049	0.315	146	0.29	2656	97
3.8049-3.878	0.3422	130	0.2991	2571	96
3.878-3.9571	0.341	141	0.2922	2633	96
3.9571-4.043	0.3011	139	0.2897	2566	96
4.043-4.1369	0.3146	146	0.2673	2572	96
4.1369-4.2401	0.2835	146	0.2655	2599	96
4.2401-4.3545	0.2941	131	0.2485	2565	96
4.3545-4.4824	0.2953	132	0.2478	2604	95
4.4824-4.6267	0.3046	124	0.2493	2557	94
4.6267-4.7917	0.2538	141	0.2161	2575	95
4.7917-4.9829	0.2515	139	0.2082	2563	95
4.9829-5.209	0.3042	147	0.2288	2534	94
5.209-5.4825	0.242	148	0.2181	2543	94
5.4825-5.8244	0.3213	146	0.2457	2561	94
5.8244-6.2715	0.3283	135	0.2683	2572	94
6.2715-6.8978	0.3046	127	0.2675	2515	93
6.8978-7.8849	0.2742	129	0.2426	2580	93
7.8849-9.893	0.2518	144	0.2161	2590	94
9.893-33.877	0.2352	124	0.2313	2602	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.785	2.5423	-1.0876	2.617	-0.1176	1.6187	0.0876	-0.1889	0.0404	0.3148	0.0837	-0.0932	-0.2499	0.0588	-0.1488	0.6268	0.0726	-0.281	0.4159	-0.0232	0.5461	-68.6777	-51.1278	68.5811
2	2.5105	0.3824	-1.8551	2.0603	-0.5659	3.9287	-0.0537	0.0772	-0.1057	0.048	0.1415	-0.0342	0.3967	0.2434	-0.124	0.5038	0.0331	-0.3077	0.3765	-0.008	0.6185	-60.9519	-54.7005	51.3675
3	1.1526	-0.1752	-1.1561	0.0091	0.7594	3.8774	-0.2548	0.2318	-0.1245	-0.0638	0.3047	-0.0057	0.5231	0.1723	-0.034	0.6432	-0.028	-0.1048	0.4372	-0.0152	0.7609	-59.278	-56.4622	43.003
4	2.4349	0.4776	-0.7337	-0.0165	0.4062	2.0329	-0.0586	-0.1603	-0.4318	0.1152	-0.0634	-0.3403	-0.1203	-0.005	0.1224	0.6616	0.012	-0.0533	0.4237	0.0919	0.7405	-67.9634	-49.6078	64.3363
5	0.57	0.3127	-1.4839	4.3632	0.4995	3.7641	-0.4614	-0.7313	-0.2473	0.6673	0.3442	0.5867	-0.6375	0.5794	0.0569	0.6714	0.0113	-0.069	0.7419	0.164	0.6728	-75.2193	-48.6626	72.7504
6	3.4981	0.1254	-0.3826	1.8566	-0.7059	1.2947	0.0664	0.2192	-0.0559	-0.1207	0.1043	0.4798	0.7543	-0.9984	-0.0373	0.9104	-0.3931	-0.1024	0.9989	-0.0481	0.6041	-84.2935	-72.3618	35.1938
7	1.3272	-0.5975	-1.0017	1.1292	-0.1726	1.9098	-0.3132	0.7177	-0.0051	-0.2855	0.1241	-0.0514	0.302	-0.6457	0.2062	0.6495	-0.1782	-0.1647	0.8151	-0.1111	0.5489	-67.3496	-53.4225	18.3323
8	5.3984	1.6551	-0.0532	1.6361	0.8152	2.168	-0.2999	0.5235	0.8288	-0.1895	0.1467	0.2392	0.3489	-0.5364	0.1376	0.7806	-0.2225	-0.2438	0.7012	0.0064	0.6795	-71.1526	-64.9431	36.3628
9	4.3069	2.8219	0.6615	2.1389	0.6824	1.2355	-1.0632	1.0418	-1.0801	-0.2836	0.3079	0.1102	1.7124	-0.6695	-0.0519	1.1405	-0.5597	0.0898	1.1083	-0.3168	1.1141	-91.2128	-74.7187	34.1299
10	5.1834	2.0578	0.0073	1.6144	0.6664	3.3321	-0.3904	-0.4498	0.7406	0.8152	-0.1248	0.4071	-0.0354	0.1464	0.3702	0.7547	0.0897	-0.09	0.3949	0.1376	0.8022	-16.1935	-78.5155	70.8498
11	3.9175	4.2701	-3.6469	4.7086	-3.393	6.0983	-0.1208	-0.5563	0.7865	0.3122	0.3033	-0.2779	0.5625	0.3827	-0.2367	1.1512	0.361	-0.1095	0.6983	-0.1143	0.8753	3.3395	-83.1109	70.7246
12	1.9222	1.9349	0.8353	2.829	0.5354	1.533	0.5418	-0.7387	-0.0105	0.8198	-0.4155	0.1013	0.3495	0.5102	-0.0184	0.7423	0.153	-0.1889	0.4557	0.1771	0.9468	-5.6138	-78.0952	67.2979
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53	2.3588	-1.176	-1.9186	1.458	1.2905	1.5643	0.3801	0.628	1.1833	-0.6463	0.0058	-0.0965	-0.8971	-0.2648	-0.0571	1.4554	0.7022	-0.2457	1.5413	0.582	1.3851	-97.8556	-2.4993	27.1192
54	2.0389	-0.0393	-1.7452	1.6677	-0.8074	2.1731	0.1317	-0.5624	-0.2973	0.6402	-0.3491	-0.4057	-0.3264	0.8422	0.1144	0.8555	-0.3747	-0.2613	1.1702	-0.0756	0.8762	11.3145	-52.3804	75.155
55	1.9509	0.0832	-1.0943	0.5355	0.4701	1.7656	0.1174	-0.5094	0.2335	0.4528	0.0473	-0.1455	-0.3335	0.96	-0.1725	0.8759	-0.2377	-0.2015	1.0247	-0.0604	0.8103	6.4354	-49.6416	72.779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 77 )	A	12 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 170 )	A	78 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 171 through 298 )	A	171 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 299 through 390 )	A	299 - 390
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 391 through 460 )	A	391 - 460
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 12 through 99 )	B	12 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 100 through 301 )	B	100 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 302 through 370 )	B	302 - 370
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 371 through 460 )	B	371 - 460
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 12 through 38 )	C	12 - 38
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 39 through 77 )	C	39 - 77
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 78 through 115 )	C	78 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 116 through 170 )	C	116 - 170
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 171 through 251 )	C	171 - 251
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 252 through 279 )	C	252 - 279
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 280 through 370 )	C	280 - 370
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 371 through 460 )	C	371 - 460
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 12 through 60 )	D	12 - 60
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 61 through 99 )	D	61 - 99
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 100 through 301 )	D	100 - 301
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 302 through 460 )	D	302 - 460
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 12 through 48 )	E	12 - 48
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 49 through 99 )	E	49 - 99
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 100 through 161 )	E	100 - 161
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 162 through 183 )	E	162 - 183
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 184 through 370 )	E	184 - 370
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 371 through 460 )	E	371 - 460
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 12 through 60 )	F	12 - 60
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 61 through 135 )	F	61 - 135
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 136 through 390 )	F	136 - 390
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 391 through 460 )	F	391 - 460
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 12 through 60 )	G	12 - 60
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 61 through 99 )	G	61 - 99
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 100 through 161 )	G	100 - 161
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 162 through 222 )	G	162 - 222
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 223 through 251 )	G	223 - 251
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 252 through 279 )	G	252 - 279
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 280 through 344 )	G	280 - 344
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 345 through 370 )	G	345 - 370
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 371 through 431 )	G	371 - 431
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 432 through 462 )	G	432 - 462
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 12 through 77 )	H	12 - 77
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 78 through 115 )	H	78 - 115
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 116 through 170 )	H	116 - 170
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 171 through 264 )	H	171 - 264
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 265 through 324 )	H	265 - 324
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 325 through 389 )	H	325 - 389
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 390 through 460 )	H	390 - 460
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 12 through 76 )	I	12 - 76
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 77 through 279 )	I	77 - 279
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 280 through 301 )	I	280 - 301
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 302 through 370 )	I	302 - 370
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 371 through 460 )	I	371 - 460
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 12 through 222 )	J	12 - 222
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 223 through 460 )	J	223 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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