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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f87 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of housekeeping sortase SrtA bound with self derived tripeptide from Lactobacillus rhamnosus GG | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / housekeeping sortase / cysteine-transpeptidase / pilus assembly (性繊毛) / lactobacillar pilus / SpaCBA pilus / SpaFED pilus / HYDROLASE (加水分解酵素) / probiotics (プロバイオティクス) / SrtA | ||||||
機能・相同性 | Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / タンパク質分解 / リン酸塩 / Class A sortase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus rhamnosus (ラクチカゼイバチルス・ラムノースス) Lacticaseibacillus rhamnosus (ラクチカゼイバチルス・ラムノースス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Pratap, S. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of housekeeping sortase SrtA bound with self derived tripeptide from Lactobacillus rhamnosus GG 著者: Pratap, S. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f87.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f87.ent.gz | 54.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f87.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f87 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3fn5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16274.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (ラクチカゼイバチルス・ラムノースス) 遺伝子: F5976_12260, F8M46_11135, FEZ43_04140, GKD16_09085, HWN39_00700, LRHP540_01088, PY91_04000 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3D3H8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 303.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lacticaseibacillus rhamnosus (ラクチカゼイバチルス・ラムノースス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 % / 解説: Plate-like |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M Citric Bis-Tris Propane, pH 5.0 and 16% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.686→73.32 Å / Num. obs: 23044 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.686→1.865 Å / Rmerge(I) obs: 1.151 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1153 / CC1/2: 0.476 / Rpim(I) all: 0.674 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FN5 解像度: 1.69→73.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.8 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.939 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→73.32 Å
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拘束条件 |
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