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- PDB-7f84: Crystal structure of CRISPR-associated Cas2c of Leptospira interrogans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f84
タイトルCrystal structure of CRISPR-associated Cas2c of Leptospira interrogans
要素CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Leptospira / Cas2 / LinCas2C / CRISPR-Cas IC
機能・相同性CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
機能・相同性情報
生物種Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gogoi, P. / Anand, V. / Prabhakaran, H.S. / Kumar, M. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR25083/NER/95/1002/2017 インド
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural and functional characterization of Cas2 of CRISPR-Cas subtype I-C lacking the CRISPR component.
著者: Anand, V. / Prabhakaran, H.S. / Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. / Kumar, M.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
B: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1803
ポリマ－21,0882
非ポリマー921
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.160, 103.160, 97.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 87 / Label seq-ID: 1 - 89

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 10544.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: cas2, LIC_12917 / プラスミド: pCDF1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q72NB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.3 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 5% 2-propanol, 20% PEG 4000, 0.2% LMA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月20日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72.94 Å / Num. obs: 8390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 140737 / Scaling rejects: 333
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.7216.90.5161710910110.9590.1290.5324.8100
9.01-72.9413.80.07633892460.9990.0220.0818.699.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.83 Å72.94 Å
Translation3.83 Å72.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.3.0データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.4.1モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QR0

4qr0


解像度: 2.6→72.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 21.105 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.4691 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2696 395 4.7 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2117 7993 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.68 Å2 / Biso mean: 39.872 Å2 / Biso min: 19.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-0 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---3.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→72.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 6 51 1479
Biso mean--63.98 33.52 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8691.6421949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3351.5893326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8665178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15922.63276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.95915288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02327
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2442 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 18 -
Rwork0.279 593 -
all-611 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51990.51240.93512.04270.2043.2221-0.00280.0089-0.0986-0.1770.0769-0.1746-0.0080.0637-0.07410.02990.0070.03140.0221-0.00460.0919-11.394318.168-34.0842
21.6799-0.78440.19134.9746-0.62672.0560.0174-0.244-0.12480.6176-0.030.0575-0.1232-0.0680.01260.1-0.01950.02550.06010.00610.0756-17.858118.0871-18.8062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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