+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f7n | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of apo-WhiB4 from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
![]() | Transcriptional regulator WhiB4 | |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / apo-WhiB4 / helix-turn-helix domain / intrinsically disordered domain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / cell wall / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | |||||||||
![]() | Xia, B. / Duan, B. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 784.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 658.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 515.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14305.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: whiB4, Rv3681c / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WhiB4, 95% H2O/5% D2O 詳細: The NMR samples containing 0.4 mM reduced apo-WhiB4 in 50 mM Tris-HCl buffer (pH 7.0) with 95% H2O/5% D2O, along with 50 mM NaCl, 20 mM DTT, 0.03% NaN3, 0.01% DSS and 5% tablet of EDTA-free ...詳細: The NMR samples containing 0.4 mM reduced apo-WhiB4 in 50 mM Tris-HCl buffer (pH 7.0) with 95% H2O/5% D2O, along with 50 mM NaCl, 20 mM DTT, 0.03% NaN3, 0.01% DSS and 5% tablet of EDTA-free protease inhibitor cocktail (Roche) Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
---|---|
試料 | 濃度: 0.4 mM / 構成要素: WhiB4 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | 詳細: 50 mM Tris-HCl buffer, 50 mM NaCl, 20 mM DTT, 0.03% NaN3, 0.01% DSS, and 5% tablet of EDTA-free protease inhibitor cocktail (Roche) イオン強度: 50 mM NaCl mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-
解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |