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万見
- PDB-7f7n: Solution structure of apo-WhiB4 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f7n
タイトルSolution structure of apo-WhiB4 from Mycobacterium tuberculosis
要素Transcriptional regulator WhiB4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / apo-WhiB4 / helix-turn-helix domain / intrinsically disordered domain
機能・相同性
機能・相同性情報


dinitrosyl-iron complex binding / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / cell wall / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor WhiB / WhiB-like iron-sulfur binding domain / Transcription factor WhiB / 4Fe-4S WhiB-like (Wbl)-type iron-sulfur binding domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator WhiB4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Xia, B. / Duan, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501202 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570734 中国
引用
ジャーナル: Magn Reson Lett / 年: 2022
タイトル: DNA binding mechanism of WhiB4 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Zhai, Q. / Duan, B. / Lin, C. / Liu, J. / Zhang, L. / Xia, B.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2021
タイトル: 1H, 13C, and 15N resonance assignments of reduced apo-WhiB4 from Mycobacterium tuberculosis
著者: Zhai, Q. / Lin, C. / Duan, B. / Liu, J. / Zhang, L. / Xia, B.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator WhiB4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3051
ポリマ－14,3051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator WhiB4


分子量: 14305.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: whiB4, Rv3681c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WF39

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-13C HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D CCHCOSY
171isotropic23D 1H-15N NOESY
161isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WhiB4, 95% H2O/5% D2O
詳細: The NMR samples containing 0.4 mM reduced apo-WhiB4 in 50 mM Tris-HCl buffer (pH 7.0) with 95% H2O/5% D2O, along with 50 mM NaCl, 20 mM DTT, 0.03% NaN3, 0.01% DSS and 5% tablet of EDTA-free ...詳細: The NMR samples containing 0.4 mM reduced apo-WhiB4 in 50 mM Tris-HCl buffer (pH 7.0) with 95% H2O/5% D2O, along with 50 mM NaCl, 20 mM DTT, 0.03% NaN3, 0.01% DSS and 5% tablet of EDTA-free protease inhibitor cocktail (Roche)
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 0.4 mM / 構成要素: WhiB4 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態詳細: 50 mM Tris-HCl buffer, 50 mM NaCl, 20 mM DTT, 0.03% NaN3, 0.01% DSS, and 5% tablet of EDTA-free protease inhibitor cocktail (Roche)
イオン強度: 50 mM NaCl mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9502

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解析

NMR software
名称開発者分類
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wright精密化
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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