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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f7f | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dnf1 from Saccharomyces cerevisiae in yeast lipids with beryllium fluoride (resting state) | |||||||||
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![]() | LIPID TRANSPORT / P4-ATPases | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of vacuole organization / glycosylceramide flippase activity / mating projection tip membrane / aminophospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / phosphatidylserine flippase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xu, J. / He, Y. / Wu, X. / Li, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational changes of a phosphatidylcholine flippase in lipid membranes. 著者: Jinkun Xu / Yilin He / Xiaofei Wu / Long Li / ![]() 要旨: Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) actively and selectively translocate phospholipids across membrane bilayers. Driven by ATP hydrolysis, P4-ATPases undergo conformational changes during lipid ...Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) actively and selectively translocate phospholipids across membrane bilayers. Driven by ATP hydrolysis, P4-ATPases undergo conformational changes during lipid flipping. It is unclear how the active flipping states of P4-ATPases are regulated in the lipid membranes, especially for phosphatidylcholine (PC)-flipping P4-ATPases whose substrate, PC, is a substantial component of membranes. Here, we report the cryoelectron microscopy structures of a yeast PC-flipping P4-ATPase, Dnf1, in lipid environments. In native yeast lipids, Dnf1 adopts a conformation in which the lipid flipping pathway is disrupted. Only when the lipid composition is changed can Dnf1 be captured in the active conformations that enable lipid flipping. These results suggest that, in the native membrane, Dnf1 may stay in an idle conformation that is unable to support the trans-membrane movement of lipids. Dnf1 may have altered conformational preferences in membranes with different lipid compositions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 225.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31487MC ![]() 7drxC ![]() 7dshC ![]() 7dsiC ![]() 7whvC ![]() 7whwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 178000.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DNF1, YER166W, SYGP-ORF7 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47490.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LEM3, BRE3, ROS3, YNL323W, N0333 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 3種, 3分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dnf1_Lem3 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212294 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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