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- PDB-7f70: Crystal structure of Rv3094c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f70
タイトルCrystal structure of Rv3094c
要素Rv3094c
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfoxidation / ethionamide / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Wang, Z.X. / Ouyang, S.Y. / Zhang, H.T.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB29020000 中国
National Science Foundation (NSF, China)2018ZX10101004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770148 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770150 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770948 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570875 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Omics analysis of Mycobacterium tuberculosis isolates uncovers Rv3094c, an ethionamide metabolism-associated gene.
著者: Wan, L. / Hu, P. / Zhang, L. / Wang, Z.X. / Fleming, J. / Ni, B. / Luo, J. / Guan, C.X. / Bai, L. / Tan, Y. / Liu, H. / Li, N. / Xiao, T. / Bai, H. / Zhang, Y.A. / Zhang, X.E. / Wan, K. / Bi, ...著者: Wan, L. / Hu, P. / Zhang, L. / Wang, Z.X. / Fleming, J. / Ni, B. / Luo, J. / Guan, C.X. / Bai, L. / Tan, Y. / Liu, H. / Li, N. / Xiao, T. / Bai, H. / Zhang, Y.A. / Zhang, X.E. / Wan, K. / Bi, L. / Ouyang, S. / Zhang, H.
履歴
登録2021年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv3094c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3451
ポリマ－40,3451
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)134.322, 134.322, 110.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Rv3094c


分子量: 40344.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3094c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05773
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289.15 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.2M sodium nitrate, 0.1M Bis Tris propane pH=8.5, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 289.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→85.16 Å / Num. obs: 49234 / % possible obs: 93.05 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.75 Å2 / CC1/2: 0.708 / Net I/σ(I): 7.53
反射 シェル解像度: 2.14→2.217 Å / Num. unique obs: 2750 / CC1/2: 0.786

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.15.2_3472位相決定
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KCF

4kcf


解像度: 2.14→85.16 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 3785 7.69 %RANDOM
Rwork0.194 45449 --
obs0.1963 49234 92.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.99 Å2 / Biso mean: 41.7886 Å2 / Biso min: 18.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→85.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2757 0 0 166 2923
Biso mean---45.59 -
残基数----365
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.14-2.170.24051480.23331814196299
2.17-2.20.30891480.23051833198199
2.2-2.230.29081480.24681757190599
2.23-2.230.2828410.240150554693
2.27-2.290.3331990.34081133123289
2.29-2.330.38841460.28771762190897
2.33-2.360.27091480.238117951943100
2.36-2.410.25551500.23031825197599
2.41-2.450.24761510.228417891940100
2.45-2.50.2811530.222318441997100
2.5-2.550.27051430.23271738188196
2.55-2.60.23891490.19761803195299
2.6-2.650.22611250.20451489161498
2.7-2.730.3298630.265179385690
2.73-2.80.20231570.18941824198199
2.8-2.890.22241550.19641796195199
2.89-2.980.21951490.205617971946100
2.98-3.090.21361490.194918151964100
3.09-3.210.21491560.196418141970100
3.21-3.360.21871490.19821798194799
3.36-3.530.25191480.211118351983100
3.53-3.750.21811490.188717811930100
3.75-4.040.20471490.17618542003100
4.04-4.450.22481520.153218031955100
4.45-5.090.14991520.163218161968100
5.1-6.420.21771530.17818211974100
6.42-85.160.18551550.158918151970100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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