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- PDB-7f6n: Crystal structure of metal-citrate-binding mutant (S26A) protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f6n
タイトルCrystal structure of metal-citrate-binding mutant (S26A) protein (MctA) of ABC transporter endogenously bound to Mg2+-citrate complex
要素Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / metal ion / secondary transporter / symporter
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / R-1,2-PROPANEDIOL / Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kanaujia, S.P. / Mandal, S.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR16065/NER/95/61/2015 インド
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg 2+ -citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily.
著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021
タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg2+-citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily
著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
B: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
C: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,90018
ポリマ－114,5023
非ポリマー1,39815
水5,531307
1
A: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4904
ポリマ－38,1671
非ポリマー3233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7207
ポリマ－38,1671
非ポリマー5536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6907
ポリマ－38,1671
非ポリマー5236
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.510, 142.920, 79.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 338 / Label seq-ID: 5 - 340

Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
111AA
221BB
132AA
242CC
153BB
263CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein


分子量: 38167.410 Da / 分子数: 3 / 変異: S26A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHB177 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53VZ2

-
非ポリマー , 6種, 322分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 % / 解説: Monoclinic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月28日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→77.94 Å / Num. obs: 43237 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 194948 / Scaling rejects: 852
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.384.50.5281901242600.770.2840.6012.9100
8.91-77.944.40.12633517630.980.0660.14313.299.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.28 Å71.46 Å
Translation4.28 Å71.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.3.0データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.4.1モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F6E

7f6e


解像度: 2.3→71.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 17.094 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.4757 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 2114 4.9 %RANDOM
Rwork0.1945 ---
obs0.1969 41074 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.67 Å2 / Biso mean: 29.314 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→71.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7941 0 91 307 8339
Biso mean--33.35 26.18 -
残基数----1008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0138216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.6511130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3371.57618052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99951011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80120.439456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.612151336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8861579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022033
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A110580.07
12B110580.07
21A108700.08
22C108700.08
31B109710.08
32C109710.08
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 146 -
Rwork0.24 3061 -
all-3207 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6305-0.32260.26950.7025-0.4080.9431-0.00270.0551-0.0367-0.0029-0.0183-0.02540.0296-0.04560.0210.0445-0.01890.03580.113-0.01440.03411.191616.381710.6742
20.7260.26530.00871.49830.14250.394-0.0736-0.06180.09460.03040.04580.0451-0.0034-0.0490.02780.04180.03020.00540.1095-0.01240.02971.048433.553143.1437
33.5052-0.5352-0.77520.810.18841.3744-0.0936-0.1696-0.6650.0593-0.0168-0.0250.20120.11630.11040.03740.01910.00610.02050.03770.148721.41962.05198.1119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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