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- PDB-7f60: Crystal structure of auxiliary protein in complex with human nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f60
タイトルCrystal structure of auxiliary protein in complex with human nuclear protein
要素
  • Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
  • ORF6 protein
  • mRNA export factor
キーワードVIRAL PROTEIN / immune system / auxiliary protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body ...Translation of Accessory Proteins / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / RNA export from nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / mitotic spindle pole / Vpr-mediated nuclear import of PICs / cellular response to organic cyclic compound / host cell Golgi membrane / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / mRNA export from nucleus / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / nuclear pore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic spindle organization / protein sequestering activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / HCMV Late Events / ubiquitin binding / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / molecular condensate scaffold activity / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / fibrillar center / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / microtubule binding / nuclear membrane / transcription coactivator activity / nuclear body / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NS6, betacoronavirus / Betacoronavirus NS6 protein / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. ...Non-structural protein NS6, betacoronavirus / Betacoronavirus NS6 protein / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF6 protein / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / mRNA export factor RAE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Gao, X. / Cui, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for Sarbecovirus ORF6 mediated blockage of nucleocytoplasmic transport
著者: Gao, X. / Tian, H. / Zhu, K. / Li, Q. / Hao, W. / Wang, L. / Qin, B. / Deng, H. / Cui, S.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export factor
B: mRNA export factor
C: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
D: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
E: ORF6 protein
F: ORF6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,1526
ポリマ－492,1526
非ポリマー00
水00
1
A: mRNA export factor
D: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
E: ORF6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,0763
ポリマ－246,0763
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
2
B: mRNA export factor
C: Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
F: ORF6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,0763
ポリマ－246,0763
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.345, 87.531, 48.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.680, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 mRNA export factor / Rae1 protein homolog / mRNA-associated protein mrnp 41


分子量: 41017.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAE1, MRNP41
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P78406
#2: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96


分子量: 197780.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98, ADAR2
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P52948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質 ORF6 protein / ORF6 / Accessory protein 6 / Non-structural protein 6 / ns6 / Protein X3


分子量: 7278.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P0DTC6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 0.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.27 Å / Num. obs: 36291 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 3.47
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5780 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OWR

4owr


解像度: 2.85→48.24 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 904 4.83 %
Rwork0.2357 17797 -
obs0.2377 18701 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.92 Å2 / Biso mean: 40.8356 Å2 / Biso min: 22.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6153 0 0 0 6153
残基数----777
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-3.020.38611420.34252850299295
3.02-3.260.32451520.297229463098100
3.26-3.590.31071380.273629893127100
3.59-4.10.28351640.22229833147100
4.11-5.170.22141670.18162971313899
5.17-48.240.24311410.21153058319999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.3858 Å / Origin y: -2.8648 Å / Origin z: 10.1328 Å
111213212223313233
T0.2835 Å20.0193 Å20.0047 Å2-0.3095 Å2-0.0603 Å2--0.26 Å2
L0.0621 °20.0377 °2-0.0421 °2-1.0346 °2-0.0403 °2--0.1379 °2
S0.0477 Å °-0.0182 Å °0.0033 Å °0.0235 Å °-0.0676 Å °0.1647 Å °0.001 Å °0.0114 Å °0.0144 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA31 - 365
2X-RAY DIFFRACTION1allB31 - 365
3X-RAY DIFFRACTION1allC158 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1allD158 - 213
5X-RAY DIFFRACTION1allE53 - 61
6X-RAY DIFFRACTION1allF55 - 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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