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万見
- PDB-7f5z: Crystal structure of the single-stranded dna-binding protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f5z
タイトルCrystal structure of the single-stranded dna-binding protein from Mycobacterium tuberculosis- Form III
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding / quaternary structure / plasticity / inhibitor development
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / enzyme activator activity / single-stranded DNA binding / DNA replication / response to antibiotic / DNA damage response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Srikalaivani, R. / Paul, A. / Sriram, R. / Narayanan, S. / Gopal, B. / Vijayan, M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Office of the Principal Scientific Adviser to the Government of India インド
引用ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural variability of Mycobacterium tuberculosis SSB and susceptibility to inhibition.
著者: Srikalaivani, R. / Paul, A. / Sriram, R. / Narayanan, S. / Shee, S. / Singh, A. / Varshney, U. / Gopal, B. / Vijayan, M.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7442
ポリマ－34,7442
非ポリマー00
水30617
1
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein

A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4884
ポリマ－69,4884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area9520 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.040, 110.040, 104.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-208-

HOH

21B-207-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein / SSB


分子量: 17372.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: ssb, Rv0054, MTCY21D4.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGD5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 35% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→55.08 Å / Num. obs: 7920 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.883 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1127

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UE1

1ue1


解像度: 3→55.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 22.319 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.553 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28139 398 5.1 %RANDOM
Rwork0.24845 ---
obs0.25024 7420 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.47 Å20 Å2
2--0.95 Å2-0 Å2
3----3.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→55.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1725 0 0 17 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0141754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.6672383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8671.6373651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0295233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.482093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.74815273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4461520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2487.082938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.257.082937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.59910.5921166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.59610.5921167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0927.33815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0897.33816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.37610.8221217
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.40181.0131742
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.39881.0351743
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 31 -
Rwork0.289 537 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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