PDB-7f5w: Conserved and divergent strigolactone signaling in Saccharum spon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f5w

タイトル

Conserved and divergent strigolactone signaling in Saccharum spontaneum

要素

High tillering and dwarf 2 protein

キーワード

PLANT PROTEIN / hydrolase protein DWARF 14 SL RECEPTOR

機能・相同性

lysophospholipase / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / High tillering and dwarf 2 protein

機能・相同性情報

生物種

Saccharum hybrid cultivar ROC22 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.654 Å

データ登録者

Zhao, Q.Q. / Ming, Z.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2021
タイトル: Identification of Conserved and Divergent Strigolactone Receptors in Sugarcane Reveals a Key Residue Crucial for Plant Branching Control.
著者: Hu, A. / Zhao, Q. / Chen, L. / Zhao, J. / Wang, Y. / Feng, K. / Wu, L. / Xie, M. / Zhou, X. / Xiao, L. / Ming, Z. / Zhang, M. / Yao, R.

履歴

登録	2021年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f5w.cif.gz	223.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f5w.ent.gz	177.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f5w_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f5w_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	7f5w_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	7f5w_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3vxkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: High tillering and dwarf 2 protein

B: High tillering and dwarf 2 protein

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: High tillering and dwarf 2 protein

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: High tillering and dwarf 2 protein

登録者が定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.810, 88.295, 118.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	High tillering and dwarf 2 protein 分子量: 32805.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharum hybrid cultivar ROC22 (植物) 遺伝子: HTD2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D5NT23
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M TRIS hydrochloride pH 7.5, 5% v/v 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月10日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→70.81 Å / Num. obs: 110054 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.144 % / R_rim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.744 / Num. unique obs: 58049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VXK

3vxk

解像度: 1.654→70.806 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	3790	3.44 %
R_work	0.1914	106264	-
obs	0.1927	110054	93.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.15 Å² / B_iso mean: 28.3539 Å² / B_iso min: 9.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.654→70.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4151	0	0	357	4508
B_iso mean	-	-	-	36.89	-
残基数	-	-	-	-	537

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6544-1.6754	0.3982	152	0.3477	4116	98
1.6754-1.6974	0.4174	140	0.3402	4151	98
1.6974-1.7207	0.3315	150	0.3167	4173	99
1.7207-1.7452	0.3507	153	0.3215	4242	99
1.7452-1.7713	0.4001	146	0.3134	4203	100
1.7713-1.799	0.3196	151	0.2945	4203	100
1.799-1.8285	0.3566	153	0.2866	4223	100
1.8285-1.86	0.3508	153	0.2762	4181	99
1.86-1.8938	0.2792	148	0.2596	4173	100
1.8938-1.9303	0.2965	55	0.2523	1599	38
1.9303-1.9697	0.2565	150	0.2333	4263	100
1.9697-2.0125	0.2543	154	0.2292	4184	100
2.0125-2.0593	0.2543	128	0.2272	3601	99
2.0593-2.1108	0.235	31	0.2016	918	91
2.1108-2.1679	0.1935	150	0.1923	4183	100
2.1679-2.2317	0.2393	151	0.195	4239	100
2.2317-2.3037	0.2523	151	0.1965	4197	100
2.3037-2.3861	0.2144	150	0.179	4226	100
2.3861-2.4816	0.2548	143	0.1907	4195	100
2.4816-2.5945	0.202	153	0.1903	4256	100
2.5945-2.7313	0.2222	152	0.184	4240	100
2.7313-2.9025	0.2479	144	0.1864	4191	100
2.9025-3.1266	0.2024	152	0.1771	4220	100
3.1266-3.4412	0.2279	147	0.1717	3996	99
3.4412-3.9391	0.2187	132	0.1565	3667	89
3.9391-4.9627	0.1613	154	0.141	4238	100
4.9627-4.9665	0.1771	147	0.168	4186	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.4898 Å / Origin y: 2.9856 Å / Origin z: -4.7336 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0834 Å²	0.0232 Å²	-0.0113 Å²	-	0.1121 Å²	-0.0221 Å²	-	-	0.1126 Å²
L	0.1212 °²	0.135 °²	-0.1864 °²	-	0.414 °²	-0.1198 °²	-	-	0.472 °²
S	-0.0489 Å °	-0.0062 Å °	-0.01 Å °	-0.0506 Å °	0.0513 Å °	-0.0439 Å °	0.1244 Å °	0.0226 Å °	0.0049 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	0 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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