PDB-7f5i: X-ray structure of Clostridium perfringens-specific amidase endolysin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f5i

タイトル

X-ray structure of Clostridium perfringens-specific amidase endolysin

要素

amidase

キーワード

HYDROLASE / endolysin / amidase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Tamai, E.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical characterization of the Clostridium perfringens-specific Zn 2+ -dependent amidase endolysin, Psa, catalytic domain.
著者: Sekiya, H. / Kamitori, S. / Nariya, H. / Matsunami, R. / Tamai, E.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f5i.cif.gz	81.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f5i.ent.gz	58.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f5i_validation.pdf.gz	930.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f5i_full_validation.pdf.gz	930.3 KB	表示
XML形式データ	7f5i_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	7f5i_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lbaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: amidase

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.010, 52.870, 58.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	amidase 分子量: 18967.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: 13 / Type A / 遺伝子: CPE1138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XLA4
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM potassium bromide, 200 mM potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, 3 % w/v poly-gamma-glutamic acid, 5% w/v PEG 3350, pH 5.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→18.36 Å / Num. obs: 19657 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.37 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1423

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LBA

1lba

解像度: 1.65→18.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 5.437 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2047	957	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13667	-	-	-
obs	0.14009	18658	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→18.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1241	0	21	48	1310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.658	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.392	1.585	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.214	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.017	24.658	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.432	15	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.692	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.016	2.809	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.011	10.386	616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.862	4.227	766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.865	42.668	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.062	3.521	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.872		678
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.452	71.933	979
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.662		1442
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.657		1439
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.743	3	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	75	-
R_work	0.227	1339	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)