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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f50 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Y149A mutated Hsp72-NBD in complex with AMPPnP | ||||||
要素 | Heat shock 70 kDa protein 1B | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Complex / Chaperone / nuclueotide-binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular heat acclimation / negative regulation of inclusion body assembly / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / C3HC4-type RING finger domain binding / positive regulation of microtubule nucleation / ATP-dependent protein disaggregase activity / regulation of mitotic spindle assembly / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aggresome / cellular response to steroid hormone stimulus ...cellular heat acclimation / negative regulation of inclusion body assembly / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / C3HC4-type RING finger domain binding / positive regulation of microtubule nucleation / ATP-dependent protein disaggregase activity / regulation of mitotic spindle assembly / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aggresome / cellular response to steroid hormone stimulus / mRNA catabolic process / regulation of protein ubiquitination / chaperone cofactor-dependent protein refolding / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Attenuation phase / ATP metabolic process / protein folding chaperone / inclusion body / negative regulation of protein ubiquitination / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / centriole / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-8 production / G protein-coupled receptor binding / ATP-dependent protein folding chaperone / PKR-mediated signaling / negative regulation of cell growth / histone deacetylase binding / unfolded protein binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / virus receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / protein refolding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / protein stabilization / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / signaling receptor binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å | ||||||
データ登録者 | Yokoyama, T. / Fujii, S. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2022 タイトル: Neutron crystallographic analysis of the nucleotide-binding domain of Hsp72 in complex with ADP. 著者: Yokoyama, T. / Fujii, S. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f50.cif.gz | 98.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f50.ent.gz | 71 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f50_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f50_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7f50_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f50_validation.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/7f50 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7f4xC 7f4zC 5aqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42673.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPA1B, HSP72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DMV9 | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-ANP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 29% PEG550 MME, 200 mM MgCl2 and 100 mM Tris-HCl pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→37.75 Å / Num. obs: 44823 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4381 / CC1/2: 0.771 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 0.713 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5AQZ 解像度: 1.703→36.846 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.703→36.846 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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