PDB-7f42: PARP15 catalytic domain in complex with Iniparib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f42

タイトル

PARP15 catalytic domain in complex with Iniparib

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / mono-ADP-ribosyltransferase 15

機能・相同性

機能・相同性情報

protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Zhou, X.L. / Zhou, H. / Li, J. / Zhang, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PARP15 catalytic domain in complex with Iniparib
著者: Zhou, X.L. / Zhou, H. / Li, J. / Zhang, J.

履歴

登録	2021年6月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2022年10月12日	Group: Atomic model / Data collection / Structure summary / カテゴリ: atom_site / chem_comp / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f42.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f42.ent.gz	73.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f42_validation.pdf.gz	856.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f42_full_validation.pdf.gz	858.2 KB	表示
XML形式データ	7f42_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	7f42_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/7f42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bljS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15

ヘテロ分子

46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.307, 68.757, 158.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15 分子量: 22953.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-33E / 4-iodo-3-nitrobenzamide / Iniparib 分子量: 292.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅IN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM HEPES buffer,pH6.5, 22%PEG 3350, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→41.88 Å / Num. obs: 1244320 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.6194162395 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 34.6
反射シェル	解像度: 1.41→1.49 Å / R_merge(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 94885

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BLJ

3blj

解像度: 1.41→41.88 Å / SU ML: 0.160823037035 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35153805638 / 位相誤差: 23.6610651667
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.230489093745	4756	5.01745983184 %
R_work	0.204016284057	90033	-
obs	0.205339869384	94789	98.957071867 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.1969977017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→41.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3174	0	13	280	3467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00578997364317	3273
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888812001211	4443
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078996265234	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051203234475	582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.55143370785	1186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.4286	0.309960171875	136	0.279964240378	2971	X-RAY DIFFRACTION	98.7603305785
1.4286-1.4454	0.364545344402	149	0.27912591892	2949	X-RAY DIFFRACTION	97.8212819703
1.4454-1.463	0.30977264696	144	0.272936825039	2907	X-RAY DIFFRACTION	96.7649857279
1.463-1.4815	0.301558366976	149	0.272947886986	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.5193848126
1.4815-1.501	0.286280190942	167	0.266595516521	2939	X-RAY DIFFRACTION	97.3973032299
1.501-1.5216	0.293907791302	160	0.256104795629	2930	X-RAY DIFFRACTION	98.1887511916
1.5216-1.5433	0.266552386102	158	0.251735798801	2930	X-RAY DIFFRACTION	98.9426465876
1.5433-1.5664	0.256414294574	162	0.231626212542	2935	X-RAY DIFFRACTION	97.0542149796
1.5664-1.5908	0.287180489965	167	0.23117709013	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.7444089457
1.5908-1.6169	0.248961138504	173	0.22987218667	2930	X-RAY DIFFRACTION	97.2727272727
1.6169-1.6448	0.252497523843	162	0.227456880844	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.7781299525
1.6448-1.6747	0.269569246039	179	0.225196580808	2935	X-RAY DIFFRACTION	97.9861548143
1.6747-1.7069	0.24344451534	174	0.223961475433	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.5193848126
1.7069-1.7418	0.263183919196	154	0.219937604807	2990	X-RAY DIFFRACTION	98.096723869
1.7418-1.7796	0.231947868306	142	0.218211820095	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.8401023345
1.7796-1.821	0.268199862408	163	0.216465248065	2992	X-RAY DIFFRACTION	98.3478802993
1.821-1.8666	0.270033883885	152	0.222552368487	3014	X-RAY DIFFRACTION	99.9684243764
1.8666-1.917	0.25772195467	161	0.220549262409	2978	X-RAY DIFFRACTION	98.7106918239
1.917-1.9734	0.263233664411	136	0.209202356098	3026	X-RAY DIFFRACTION	98.9981214778
1.9734-2.0371	0.244338524658	174	0.208203962774	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.9684443042
2.0371-2.1099	0.198680219293	143	0.207179736026	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.2474129821
2.1099-2.1944	0.238153443275	152	0.209398753039	3017	X-RAY DIFFRACTION	99.3105609527
2.1944-2.2943	0.227073244501	146	0.205424136332	3059	X-RAY DIFFRACTION	99.5032598572
2.2943-2.4152	0.257582562706	167	0.210972461692	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.7180451128
2.4152-2.5665	0.226464327361	159	0.211191576386	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.8128509046
2.5665-2.7647	0.214042694571	161	0.205647050016	3068	X-RAY DIFFRACTION	99.8762759047
2.7647-3.0428	0.224918312286	172	0.209023990979	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.8466257669
3.0428-3.4829	0.24753975276	177	0.195102935952	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.9081163859
3.4829-4.3874	0.190560548796	160	0.168106126548	3133	X-RAY DIFFRACTION	99.8483929654
4.3874-41.88	0.178532950366	157	0.176250892667	3279	X-RAY DIFFRACTION	99.0201729107

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