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- PDB-7f41: PARP15 catalytic domain in complex with 3-AMINOBENZAMIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f41
タイトルPARP15 catalytic domain in complex with 3-AMINOBENZAMIDE
要素Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / NAD / mono-ADP-ribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
3-aminobenzamide / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39721383763 Å
データ登録者Zhou, X.L. / Zhong, F.L. / Li, J. / Zhang, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PARP15 catalytic domain in complex with 3-AMINOBENZAMIDE
著者: Zhou, X.L. / Zhong, F.L. / Li, J. / Zhang, J.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15
B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6353
ポリマ－45,4992
非ポリマー1361
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.313, 68.498, 158.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 7 / ARTD7 / B-aggressive lymphoma protein 3 / Poly [ADP-ribose] polymerase 15 / PARP-15


分子量: 22749.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP15, BAL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-3AB / 3-aminobenzamide / 3-アミノベンズアミド


分子量: 136.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM HEPES buffer,pH6.5, 22%PEG 3350, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39721383763→27.3402061526 Å / Num. obs: 874703 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 13.1309538906 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Num. unique obs: 84652 / Rsym value: 0.993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BLJ

3blj


解像度: 1.39721383763→27.3402061526 Å / SU ML: 0.137939977293 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35937084149 / 位相誤差: 22.1125552579
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217669747105 2000 2.5023772584 %
Rwork0.196396539587 77924 -
obs0.196927035747 79924 81.0810262445 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.1818679805 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39721383763→27.3402061526 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3067 0 10 282 3359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005652390627353161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8632387728934298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0967492162113459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057310930549563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.059566597251126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39721383763-1.43220.320956242991750.2574341189792925X-RAY DIFFRACTION43.3087916847
1.4322-1.47090.2533399954771070.2371588282814146X-RAY DIFFRACTION60.8876163207
1.4709-1.51420.25177375071270.2305571894554957X-RAY DIFFRACTION72.878440367
1.5142-1.5630.2547628720091340.2241537239445211X-RAY DIFFRACTION76.9396861955
1.563-1.61890.2416302806571380.2102363165055393X-RAY DIFFRACTION79.3316121629
1.6189-1.68370.2229710333491390.2091512075815415X-RAY DIFFRACTION79.7301177146
1.6837-1.76030.2429339555121400.2101138316495476X-RAY DIFFRACTION80.4238865817
1.7603-1.85310.2223809634681430.2053785370415555X-RAY DIFFRACTION81.4349006717
1.8531-1.96920.2317916629661460.2031218069885683X-RAY DIFFRACTION83.0105383082
1.9692-2.12110.206298250461550.1994419223126040X-RAY DIFFRACTION88.2478632479
2.1211-2.33450.241281034881650.1964201596896407X-RAY DIFFRACTION93.0746353208
2.3345-2.67210.227767866241690.2055786410686611X-RAY DIFFRACTION95.3989024905
2.6721-3.36550.2015824484271770.1963012464656895X-RAY DIFFRACTION98.9644556395
3.3655-27.34020615260.1917965692371850.1715325439197210X-RAY DIFFRACTION99.1286863271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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