PDB-7f2a: Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP bound TDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f2a

タイトル

Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP bound TDP

要素

Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP

キーワード

TRANSFERASE / EarP / TDP / Neisseria meningitidis

機能・相同性

protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein-arginine rhamnosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Yoo, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP bound TDP
著者: Yoo, Y.

履歴

登録	2021年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f2a.cif.gz	160.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f2a.ent.gz	129.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f2a_validation.pdf.gz	980.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f2a_full_validation.pdf.gz	993.8 KB	表示
XML形式データ	7f2a_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	7f2a_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP

F: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP

ヘテロ分子

89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.855, 125.287, 128.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP / Uncharacterized protein conserved in bacteria 分子量: 44073.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: earP, CNQ34_12095, ERS040961_00525, ERS514851_01386, H7969_05560, JY21_02145, NMA510612_1261 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EQ00
#2: 化合物	ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP 分子量: 402.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 1.26M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→45.66 Å / Num. obs: 25556 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.48 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 23.09
反射シェル	解像度: 2.58→2.672 Å / R_merge(I) obs: 0.7574 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Num. unique obs: 2479 / CC_1/2: 0.918

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.58→45.66 Å / SU ML: 0.3714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.2957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2694	3722	7.78 %
R_work	0.2157	44093	-
obs	0.2198	25546	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→45.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6122	0	70	6	6198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1913	8700
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0675	898
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.1193	2270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.58-2.61	0.4035	143	0.3024	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.61-2.65	0.3215	139	0.2698	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.68	0.2998	135	0.2784	1673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.72	0.3498	143	0.2771	1635	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.72-2.76	0.3832	150	0.292	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.81	0.3059	136	0.2776	1632	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.81-2.85	0.3742	138	0.2839	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.9	0.3777	124	0.2875	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.95	0.3468	141	0.265	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.01	0.3194	139	0.2805	1672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.07	0.3557	136	0.2717	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.14	0.3353	130	0.2577	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.21	0.319	150	0.2541	1654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.29	0.3227	135	0.2406	1621	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.29-3.38	0.2837	130	0.2308	1622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.48	0.2803	137	0.2326	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.59	0.2925	142	0.2115	1616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.72	0.2813	134	0.2151	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.87	0.2316	136	0.2009	1608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.05	0.2207	132	0.1851	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.26	0.2282	144	0.1745	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.53	0.1996	125	0.1629	1654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.53-4.87	0.1888	146	0.1564	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.36	0.2044	141	0.1698	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
5.36-6.14	0.2971	151	0.2061	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
6.14-7.72	0.2134	132	0.2039	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
7.73-45.66	0.2254	133	0.185	1621	X-RAY DIFFRACTION	98.48

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)