PDB-7f21: L-lactate oxidase with D-lactate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f21

タイトル

L-lactate oxidase with D-lactate

要素

L-lactate oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / D-lactate / complex

機能・相同性

FLAVIN MONONUCLEOTIDE / LACTIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Aerococcus viridans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Morimoto, Y. / Inaka, K.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Dynamic interactions in the l-lactate oxidase active site facilitate substrate binding at pH4.5.
著者: Furubayashi, N. / Inaka, K. / Kamo, M. / Umena, Y. / Matsuoka, T. / Morimoto, Y.

履歴

登録	2021年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f21.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f21.ent.gz	137.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f21_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f21_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7f21_validation.xml.gz	38.7 KB	表示
CIF形式データ	7f21_validation.cif.gz	57.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/7f21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f1yC 7f20C 7f22C 2du2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-lactate oxidase

B: L-lactate oxidase

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.781, 132.781, 92.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-802- HOH

#1: タンパク質	L-lactate oxidase 分子量: 78793.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aerococcus viridans (バクテリア) 発現宿主: Aerococcus viridans (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 4.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20 mg/ml in 50 mM sodium acetate (pH4.5) , 40% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→46.99 Å / Num. obs: 155462 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 16.6 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.65
反射シェル	解像度: 1.38→1.429 Å / Num. unique obs: 16056 / CC_1/2: 0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DU2

2du2

解像度: 1.38→46.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.598 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22361	8242	5 %	RANDOM
R_work	0.19583	-	-	-
obs	0.19718	155462	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.001 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.38→46.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5682	0	74	740	6496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.64	7986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.538	1.579	12418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.031	5	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.369	22.323	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.813	15	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.492	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.783	2.264	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.783	2.264	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.289	3.394	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.288	3.394	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3	2.479	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3	2.48	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.608	3.613	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.93	29.443	7554
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.656	28.54	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.38→1.411 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	612	-
R_work	0.403	10931	-
obs	-	-	94.97 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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