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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f1b | ||||||||||||
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タイトル | Odinarchaeota tubulin H393D mutant, in a pseudo protofilament arrangement, after GTP hydrolysis and phosphate release | ||||||||||||
要素 | Tubulin-like protein | ||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Asgard / tubulin / GTP / filament | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule / GTPase activity / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Odinarchaeota archaeon | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Robinson, R.C. / Akil, C. / Tran, L.T. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution. 著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro ...著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro Narita / Robert C Robinson / 要旨: Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic ...Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic relatives to eukaryotes. Here, we elucidated the apo and nucleotide-bound x-ray structures of an Asgard tubulin from hydrothermal living Odinarchaeota (OdinTubulin). The guanosine 5'-triphosphate (GTP)-bound structure resembles a microtubule protofilament, with GTP bound between subunits, coordinating the "+" end subunit through a network of water molecules and unexpectedly by two cations. A water molecule is located suitable for GTP hydrolysis. Time course crystallography and electron microscopy revealed conformational changes on GTP hydrolysis. OdinTubulin forms tubules at high temperatures, with short curved protofilaments coiling around the tubule circumference, more similar to FtsZ, rather than running parallel to its length, as in microtubules. Thus, OdinTubulin represents an evolutionary stage intermediate between prokaryotic FtsZ and eukaryotic microtubule-forming tubulins. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f1b.cif.gz | 190.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f1b.ent.gz | 144.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f1b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f1b_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f1b_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7f1b_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f1b_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f1b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7evbC 7evcC 7evdC 7eveC 7evgC 7evhSC 7eviC 7evkC 7evlC 7f1aC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47633.406 Da / 分子数: 1 / 変異: H393D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Odinarchaeota archaeon (strain LCB_4) (古細菌) 株: LCB_4 / 遺伝子: cetZ, OdinLCB4_01330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9N9N5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25% PEG 1500 0.1 M MMT (1 DL-malic acid: 2 MES: 2 Tris base), pH 9.0 soak: 10 mM GTP (1 h) then no GTP (14 days) 1 mM MgCl2, 0.1 M KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.55 Å / Num. obs: 15927 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Num. unique obs: 1616 / CC1/2: 0.912 / R split: 2.5 / Rpim(I) all: 0.252 / Rrim(I) all: 0.657 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EVH 解像度: 2.4→29.55 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 68.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.486 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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