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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f19 | |||||||||
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タイトル | Structure of the G304E mutant of CueO | |||||||||
要素 | Blue copper oxidase CueO | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / multicopper oxidase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.773 Å | |||||||||
データ登録者 | Takata, S.T. / Kawano, T.K. / Nakata, S.N. / Takado, K.T. / Imaizumi, R.I. / Sakai, N.S. / Takeshita, K.T. / Yamashita, S.Y. / Sakurai, T.S. / Kataoka, K.K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the G304E mutant of CueO 著者: Takata, S.T. / Kawano, T.K. / Nakata, S.N. / Takado, K.T. / Imaizumi, R.I. / Sakai, N.S. / Takeshita, K.T. / Yamashita, S.Y. / Sakurai, T.S. / Kataoka, K.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f19.cif.gz | 112.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f19.ent.gz | 80.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7f19_validation.pdf.gz | 467.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7f19_full_validation.pdf.gz | 469.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7f19_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7f19_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/7f19 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3od3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56695.055 Da / 分子数: 1 / 変異: G304E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: cueO, A9R57_04170, AUQ13_07730, BANRA_00502, BANRA_02318, BANRA_03294, BHS87_00550, BJJ90_21590, BMA87_12960, BUE81_03880, BvCms2454_01631, BvCmsHHP056_04875, BvCmsKKP036_02792, ...遺伝子: cueO, A9R57_04170, AUQ13_07730, BANRA_00502, BANRA_02318, BANRA_03294, BHS87_00550, BJJ90_21590, BMA87_12960, BUE81_03880, BvCms2454_01631, BvCmsHHP056_04875, BvCmsKKP036_02792, BvCmsKSP026_04756, BvCmsSINP011_00803, BW690_21865, C5F72_22005, C5F73_07705, C5N07_08325, C6669_04510, C9E25_07140, CA593_03120, CG692_01085, CI693_14840, CWS33_09370, D0X26_09670, D3821_05970, D6T60_04275, D9C99_10035, D9D44_07015, D9I18_13120, D9J11_09660, D9J52_04795, D9Z28_05630, DAH34_04440, DJ503_00645, DNC98_11530, DT034_05590, E2119_07645, E2134_11740, E2135_03380, E4K53_07200, E4K55_07200, E4K61_10655, E5P28_13255, E5S44_09260, EA213_09430, EAI42_26240, EAI46_26365, EAI52_02170, EC1094V2_3732, EC3234A_2c01050, ECTO6_03944, EEP23_00405, EG808_12120, EI021_04575, EI041_03395, EJC75_22495, EL75_3641, EL79_3751, EL80_3698, EPT01_02830, ERS150873_01065, ETECE1441_03949, EYD11_18775, EYV18_05255, EYY78_13140, FRV13_02155, FV293_03130, G5632_10235, G5688_04010, G5696_01080, G9P49_18255, GHD50_13365, GKF39_00960, GKF74_00135, GKF86_00960, GKF89_02255, GKG12_02350, GQE22_02395, GQE33_14025, GQE34_09055, GQE42_19525, GQE64_01625, GQM04_26830, GRW02_08355, GRW05_24815, GRW57_18925, GRW80_09165, GRW81_09580, H4P50_20865, H4P51_20715, HH707_001039, HLT96_06715, HLU13_04335, HMQ05_02945, HNC40_15140, HNC94_15135, HNN86_16410, HPE39_04120, HV005_17560, HV022_19655, HV068_19765, HV109_19610, HVX22_18960, HVY77_21410, HVY79_03855, HVY93_19425, HVZ24_18700, HVZ62_10495, HX136_20845, NCTC11022_04845, NCTC9045_04770, NCTC9058_02748, NCTC9062_04168, NCTC9706_01385, RK56_013325, SAMEA3472043_02481, SAMEA3472070_02440, SAMEA3484427_01313, SAMEA3484429_01168, SAMEA3752557_00827, SAMEA3752559_03758, SAMEA3753300_01926, SK85_00121, WP2S18E08_38200, WP7S17E04_36210, WQ89_09325 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8T2X0, 酸化還元酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 196分子
#2: 化合物 | ChemComp-C2O / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, KNO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→48.993 Å / Num. obs: 43540 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 1.79 % / CC1/2: 0.97 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 3.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 13250 / CC1/2: 0.466 / Rrim(I) all: 1.288 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3od3 解像度: 1.773→48.335 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.287 / WRfactor Rwork: 0.238 / SU B: 5.555 / SU ML: 0.155 / Average fsc free: 0.768 / Average fsc work: 0.7964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.305 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.773→48.335 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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