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- PDB-7f0v: Structure of the M305I mutant of CueO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f0v
タイトルStructure of the M305I mutant of CueO
要素Blue copper oxidase CueO
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / multicopper oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CU-O-CU LINKAGE / COPPER (II) ION / 硝酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Blue copper oxidase CueO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.494 Å
データ登録者Kawano, T.K. / Takata, S.T. / Sakai, N.S. / Imaizumi, R.I. / Nakata, S.N. / Takeshita, K.T. / Yamashita, S.Y. / Sakurai, T.S. / Kataoka, K.K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K05432 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)BINDS1842 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the M305I mutant of CueO
著者: Kawano, T.K. / Takata, S.T. / Sakai, N.S. / Imaizumi, R.I. / Nakata, S.N. / Takeshita, K.T. / Yamashita, S.Y. / Sakurai, T.S. / Kataoka, K.K.
履歴
登録2021年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue copper oxidase CueO
B: Blue copper oxidase CueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,23713
ポリマ－113,2102
非ポリマー1,02711
水10,287571
1
A: Blue copper oxidase CueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0876
ポリマ－56,6051
非ポリマー4825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
2
B: Blue copper oxidase CueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1497
ポリマ－56,6051
非ポリマー5446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.798, 49.922, 95.933
Angle α, β, γ (deg.)86.979, 80.626, 70.535
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Blue copper oxidase CueO / Copper efflux oxidase / Copper oxidase / CueO protein / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase ...Copper efflux oxidase / Copper oxidase / CueO protein / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase (Laccase) / Multicopper oxidase CueO


分子量: 56604.953 Da / 分子数: 2 / 変異: M305I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: cueO, A9R57_04170, AUQ13_07730, BANRA_00502, BANRA_02318, BANRA_03294, BHS87_00550, BJJ90_21590, BMA87_12960, BUE81_03880, BvCms2454_01631, BvCmsHHP056_04875, BvCmsKKP036_02792, ...遺伝子: cueO, A9R57_04170, AUQ13_07730, BANRA_00502, BANRA_02318, BANRA_03294, BHS87_00550, BJJ90_21590, BMA87_12960, BUE81_03880, BvCms2454_01631, BvCmsHHP056_04875, BvCmsKKP036_02792, BvCmsKSP026_04756, BvCmsSINP011_00803, BW690_21865, C5F72_22005, C5F73_07705, C5N07_08325, C6669_04510, C9E25_07140, CA593_03120, CG692_01085, CI693_14840, CWS33_09370, D0X26_09670, D3821_05970, D6T60_04275, D9C99_10035, D9D44_07015, D9I18_13120, D9J11_09660, D9J52_04795, D9Z28_05630, DAH34_04440, DJ503_00645, DNC98_11530, DT034_05590, E2119_07645, E2134_11740, E2135_03380, E4K53_07200, E4K55_07200, E4K61_10655, E5P28_13255, E5S44_09260, EA213_09430, EAI42_26240, EAI46_26365, EAI52_02170, EC1094V2_3732, EC3234A_2c01050, ECTO6_03944, EEP23_00405, EG808_12120, EI021_04575, EI041_03395, EJC75_22495, EL75_3641, EL79_3751, EL80_3698, EPT01_02830, ERS150873_01065, ETECE1441_03949, EYD11_18775, EYV18_05255, EYY78_13140, FRV13_02155, FV293_03130, G5632_10235, G5688_04010, G5696_01080, G9P49_18255, GHD50_13365, GKF39_00960, GKF74_00135, GKF86_00960, GKF89_02255, GKG12_02350, GQE22_02395, GQE33_14025, GQE34_09055, GQE42_19525, GQE64_01625, GQM04_26830, GRW02_08355, GRW05_24815, GRW57_18925, GRW80_09165, GRW81_09580, H4P50_20865, H4P51_20715, HH707_001039, HLT96_06715, HLU13_04335, HMQ05_02945, HNC40_15140, HNC94_15135, HNN86_16410, HPE39_04120, HV005_17560, HV022_19655, HV068_19765, HV109_19610, HVX22_18960, HVY77_21410, HVY79_03855, HVY93_19425, HVZ24_18700, HVZ62_10495, HX136_20845, NCTC11022_04845, NCTC9045_04770, NCTC9058_02748, NCTC9062_04168, NCTC9706_01385, RK56_013325, SAMEA3472043_02481, SAMEA3472070_02440, SAMEA3484427_01313, SAMEA3484429_01168, SAMEA3752557_00827, SAMEA3752559_03758, SAMEA3753300_01926, SK85_00121, WP2S18E08_38200, WP7S17E04_36210, WQ89_09325
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8T2X0, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 5種, 582分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-C2O / CU-O-CU LINKAGE / 酸化銅(I) / 酸化銅(I)


分子量: 143.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2O
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, KNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.494→47.371 Å / Num. obs: 132574 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 5.63
反射 シェル解像度: 1.494→1.58 Å / Num. unique obs: 42045 / Rrim(I) all: 1.065 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3od3

3od3


解像度: 1.494→47.371 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.94 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 6644 5.012 %
Rwork0.1872 125930 -
all0.189 --
obs-132574 95.127 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 37.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.009 Å2-1.395 Å20.062 Å2
2--0.558 Å20.355 Å2
3----2.574 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.494→47.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7288 0 42 571 7901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0137573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.63910278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.311.57216379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.785960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60123.155355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.415151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.481535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21370
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.26523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1570.23482
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23420
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1320.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2130.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0673.7873831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0673.7873830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0495.6754794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0495.6754795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7474.1413742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7464.1413743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2886.0395484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2876.0395485
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.81445.3558042
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.80845.0587947
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.494-1.5330.4584680.4369090X-RAY DIFFRACTION92.5804
1.533-1.5750.4144760.3888993X-RAY DIFFRACTION94.586
1.575-1.620.3424770.3568813X-RAY DIFFRACTION94.7283
1.62-1.670.3084170.3118614X-RAY DIFFRACTION95.0231
1.67-1.7250.3244570.2818249X-RAY DIFFRACTION94.754
1.725-1.7860.284600.2498100X-RAY DIFFRACTION95.8137
1.786-1.8530.2654120.2327848X-RAY DIFFRACTION95.9795
1.853-1.9290.283970.2277509X-RAY DIFFRACTION96.2972
1.929-2.0140.2533770.2147262X-RAY DIFFRACTION96.6473
2.014-2.1130.2893790.2156915X-RAY DIFFRACTION96.5837
2.113-2.2270.2463400.2026626X-RAY DIFFRACTION96.4152
2.227-2.3620.2463360.1896209X-RAY DIFFRACTION96.0522
2.362-2.5250.2432920.1785818X-RAY DIFFRACTION95.4688
2.525-2.7270.2382590.1835375X-RAY DIFFRACTION94.2613
2.727-2.9870.2442570.1714928X-RAY DIFFRACTION94.8939
2.987-3.3390.2082090.1674484X-RAY DIFFRACTION94.5026
3.339-3.8550.2092300.1623895X-RAY DIFFRACTION94.372
3.855-4.7190.1761740.1363235X-RAY DIFFRACTION93.3717
4.719-6.6660.1771430.1522589X-RAY DIFFRACTION95.3578
6.666-47.3710.235840.1931378X-RAY DIFFRACTION92.7665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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