PDB-7f0o: Crystal structure of selenomethionine-labeled isomerase NsrQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f0o

タイトル

Crystal structure of selenomethionine-labeled isomerase NsrQ

要素

NsrQ

キーワード

ISOMERASE / tetrahydroxanthones / blennolides

機能・相同性

: / 酸化還元酵素 / NTF2-like domain superfamily / monooxygenase activity / Monooxygenase nsrQ

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus novofumigatus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yang, J. / Mori, T. / Abe, I.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Isomerization Reactions in Fungal Tetrahydroxanthone Biosynthesis and Diversification.
著者: Yang, J. / Mori, T. / Wei, X. / Matsuda, Y. / Abe, I.

履歴

登録	2021年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f0o.cif.gz	84.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f0o.ent.gz	54.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7f0o_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7f0o_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	7f0o_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	7f0o_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/7f0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f0yC 7f0zC 7f10C 7f11C 7f13C 7f14C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NsrQ

B: NsrQ

39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.719, 52.201, 61.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.777, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	NsrQ 分子量: 19558.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus novofumigatus (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I1C3W8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM citrate buffer (pH5.5), 980 mM (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.56 Å / Num. obs: 14685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 1264 / CC_1/2: 0.97 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→45.56 Å / SU ML: 0.2351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.3158
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2554	1474	10.05 %
R_work	0.1916	13189	-
obs	0.1979	14663	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2337	0	0	102	2439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	2404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6471	3268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0225	305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.28	0.2956	139	0.2197	1184	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.28-2.36	0.3185	127	0.2041	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.45	0.2951	127	0.2013	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.56	0.285	142	0.2092	1184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.7	0.3075	130	0.2022	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.87	0.2938	137	0.2026	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.09	0.289	134	0.2155	1209	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.09-3.4	0.2321	131	0.1957	1182	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.4-3.89	0.2618	139	0.1834	1203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.9	0.2108	139	0.1607	1200	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.9-45.56	0.2067	129	0.1865	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.35

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)