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- PDB-7f08: Crystal Structure of K8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f08
タイトルCrystal Structure of K8
要素chalcone synthase
キーワードHYDROLASE / chalcone synthase
機能・相同性Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / COENZYME A
機能・相同性情報
生物種Abrus precatorius (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Huang, S.X. / Yan, Y.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of K8
著者: Huang, S.X. / Yan, Y.J.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: chalcone synthase
D: chalcone synthase
F: chalcone synthase
H: chalcone synthase
J: chalcone synthase
L: chalcone synthase
N: chalcone synthase
P: chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,39512
ポリマ－344,3258
非ポリマー3,0704
水00
1
B: chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8082
ポリマ－43,0411
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8082
ポリマ－43,0411
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0411
ポリマ－43,0411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0411
ポリマ－43,0411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
J: chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8082
ポリマ－43,0411
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
L: chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8082
ポリマ－43,0411
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
N: chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0411
ポリマ－43,0411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
P: chalcone synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0411
ポリマ－43,0411
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.151, 117.326, 132.878
Angle α, β, γ (deg.)109.735, 90.192, 91.179
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and resid 14 through 390)
d_2ens_1(chain "D" and resid 14 through 390)
d_3ens_1chain "F"
d_4ens_1(chain "H" and resid 14 through 390)
d_5ens_1(chain "J" and resid 14 through 390)
d_6ens_1(chain "L" and resid 14 through 390)
d_7ens_1(chain "N" and resid 14 through 390)
d_8ens_1(chain "P" and resid 14 through 390)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROVALA1 - 377
d_21ens_1PROVALC1 - 377
d_31ens_1PROVALE1 - 377
d_41ens_1PROVALF3 - 379
d_51ens_1PROVALG2 - 378
d_61ens_1PROVALI1 - 377
d_71ens_1PROVALK3 - 379
d_81ens_1PROVALL1 - 377

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999661065245, -0.0260109574683, -0.00108845056621), (-0.0260192533949, -0.999625583086, -0.0084671183617), (-0.000867805176327, 0.00849256923211, -0.999963560927)23.5714116628, 34.7587950137, 40.6636261504
2given(0.751673134339, 0.37033581642, 0.54574617011), (0.141446033368, 0.717697826316, -0.681837847105), (-0.644189815782, 0.589712822633, 0.487091642369)9.05075279725, -18.8025936152, -52.0286054698
3given(0.750535602344, 0.367209259352, 0.54941211259), (-0.145091721205, -0.719541236015, 0.679123554379), (0.644705127986, -0.589421555018, -0.486762291502)-17.0800140535, -18.0776879551, -32.0934734931
4given(-0.99993046212, 0.00011256541512, 0.0117922963803), (-0.0050213642417, -0.90884111763, -0.417112225673), (0.0106703714109, -0.417142433989, 0.908778483977)-13.545066559, -13.4490355496, -2.81204459495
5given(-0.99972631733, 0.0128779856435, 0.0195306918138), (0.0197626513403, 0.911655459289, 0.410479915659), (-0.0125191073549, 0.410753552673, -0.91166045813)12.646037131, -68.847370008, 43.441173926
6given(-0.736964931485, -0.568256853868, 0.36601480543), (0.168124786318, 0.37037385387, 0.913541057969), (-0.654688281541, 0.734783884147, -0.177414479711)-34.0309978875, -8.28193465018, -31.8891442771
7given(-0.740868189682, -0.568580599217, 0.357533813382), (-0.160388696483, -0.367152454135, -0.916228433014), (0.652219128482, -0.736148882779, 0.180817672878)-7.9003149499, -28.4874408837, -52.3131759791

-
要素

#1: タンパク質
chalcone synthase


分子量: 43040.617 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Abrus precatorius (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium acetate, Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→66.49 Å / Num. obs: 80588 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 71.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3.16→3.24 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 5728 / Rpim(I) all: 0.267 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.18.1_3865精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YJY

4yjy


解像度: 3.16→45.18 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.5178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 2286 5 %
Rwork0.1799 43444 -
obs0.184 45730 89.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23244 0 188 0 23432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010723896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.393132399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00914128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.11423381
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.58605896675
ens_1d_3FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.633925277548
ens_1d_4HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.615071265679
ens_1d_5JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.619426957379
ens_1d_6LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.58335411295
ens_1d_7NX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.688875934683
ens_1d_8PX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.636387633604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.230.3467980.26211392X-RAY DIFFRACTION46.64
3.23-3.30.38381080.26552074X-RAY DIFFRACTION68.75
3.3-3.380.37341380.2632266X-RAY DIFFRACTION76.1
3.38-3.480.32061540.2432582X-RAY DIFFRACTION84.6
3.48-3.580.31931380.21812682X-RAY DIFFRACTION90.44
3.58-3.690.32791580.20242873X-RAY DIFFRACTION94.1
3.69-3.820.26941340.20172890X-RAY DIFFRACTION96.15
3.82-3.980.27581640.1972972X-RAY DIFFRACTION97.76
3.98-4.160.26721500.17322927X-RAY DIFFRACTION97.9
4.16-4.380.21911550.17183010X-RAY DIFFRACTION98.29
4.38-4.650.24621530.15692968X-RAY DIFFRACTION98.36
4.65-5.010.23651670.14982949X-RAY DIFFRACTION98.7
5.01-5.510.2661560.16862977X-RAY DIFFRACTION98.34
5.51-6.310.2511330.17622986X-RAY DIFFRACTION98.33
6.31-7.940.26141300.16993010X-RAY DIFFRACTION98.34
7.94-45.180.19031500.1432886X-RAY DIFFRACTION95.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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