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- PDB-7f05: Crystal structure of human cardiac calsequestrin bound with calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f05
タイトルCrystal structure of human cardiac calsequestrin bound with calcium
要素Calsequestrin-2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium binding / cardiac SR / polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion sequestering activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of cell communication by electrical coupling / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / sequestering of calcium ion / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of membrane repolarization / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to caffeine ...calcium ion sequestering activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of cell communication by electrical coupling / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / sequestering of calcium ion / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / sarcoplasmic reticulum lumen / regulation of membrane repolarization / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to caffeine / negative regulation of potassium ion transport / detection of calcium ion / protein polymerization / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / cardiac muscle contraction / striated muscle contraction / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / calcium channel complex / sarcoplasmic reticulum membrane / regulation of heart rate / sarcoplasmic reticulum / Stimuli-sensing channels / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calsequestrin / Calsequestrin, conserved site / Calsequestrin, middle TRX-fold domain / Calsequestrin, N-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin, C-terminal TRX-fold domain / Calsequestrin / Calsequestrin signature 1. / Calsequestrin signature 2. / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Fan, X.X. / Liu, X.X. / Su, X.D. / Wang, S.Q.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ca2+-dependent Formation of a Non-transmembrane Channel in a Calsequestrin-2 Dimer
著者: Fan, X.X. / Liu, Z.H. / Yu, H. / Liu, X.Y. / Li, L.L. / Wang, L.P. / Li, H.T. / Huang, X.Y. / Xu, Z. / Su, X.D. / Song, C. / Guo, X.F. / Wang, S.Q.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calsequestrin-2
C: Calsequestrin-2
B: Calsequestrin-2
D: Calsequestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,16878
ポリマ－187,2024
非ポリマー2,96674
水17,619978
1
A: Calsequestrin-2
B: Calsequestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,12440
ポリマ－93,6012
非ポリマー1,52338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
2
C: Calsequestrin-2
D: Calsequestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,04438
ポリマ－93,6012
非ポリマー1,44336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.340, 68.350, 157.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
Calsequestrin-2 / Calsequestrin / cardiac muscle isoform


分子量: 46800.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASQ2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14958
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Na cacodylate (pH 6.0), 25% (vol/vol) 2-methyl-2,4-pentanedio (MPD), and 40 mM calcium lactate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→78.569 Å / Num. obs: 74946 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 26.99 Å2 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.144 / Net I/av σ(I): 4.4 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.298-2.6410.70.4951.383750.1580.520.49599.4
2.64-2.810.80.3731.779170.1180.3920.37399.8
2.8-2.9910.80.272.474750.0850.2830.2799.6
2.99-3.2310.90.1943.570100.0610.2040.19499.7
3.23-3.5410.80.1444.764120.0460.1510.14499.8
3.54-3.9510.70.1195.658350.0380.1250.11999.7
3.95-4.5610.20.1016.451390.0330.1070.10199.2
4.56-5.5910.80.0927.142830.0290.0960.09298
5.59-7.9111.20.0966.834370.030.1010.096100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.298→19.744 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.46 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 3652 4.87 %
Rwork0.2078 71294 -
obs0.2091 74946 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.18 Å2 / Biso mean: 36.06 Å2 / Biso min: 9.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.298→19.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11359 0 74 978 12411
Biso mean--50.57 38.83 -
残基数----1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82715794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0734272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.298-2.32820.29681350.23992705
2.3282-2.36010.30041780.24762738
2.3601-2.39370.27431380.25322692
2.3937-2.42940.2871330.25592730
2.4294-2.46730.31851130.25332747
2.4673-2.50760.27751080.25012789
2.5076-2.55080.28651190.24082715
2.5508-2.59710.28291730.24552678
2.5971-2.64690.28641110.23442767
2.6469-2.70080.25451410.24392711
2.7008-2.75940.26971260.23822769
2.7594-2.82340.29311150.24022782
2.8234-2.89380.29311300.23962720
2.8938-2.97180.26731290.23422762
2.9718-3.05890.27451220.23552716
3.0589-3.15730.24771640.22612726
3.1573-3.26960.23541440.21712742
3.2696-3.39990.26811220.21142748
3.3999-3.55380.20591340.22756
3.5538-3.740.21121470.18912733
3.74-3.97250.20131540.18312737
3.9725-4.27640.2361750.17832739
4.2764-4.70140.18241490.16392746
4.7014-5.36980.22141680.17572752
5.3698-6.72070.20991550.20482771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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