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- PDB-7ezf: Indole-2-carboxylic acid derivatives as allosteric inhibitors of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ezf
タイトルIndole-2-carboxylic acid derivatives as allosteric inhibitors of fructose-1,6-bisphosphatase
要素Fructose-1,6-bisphosphatase 1
キーワードHYDROLASE / fructose-1 / 6-bisphosphatase / indole dicarboxylic acid derivative inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to raffinose / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / negative regulation of Ras protein signal transduction / Gluconeogenesis / monosaccharide binding ...cellular response to raffinose / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / negative regulation of Ras protein signal transduction / Gluconeogenesis / monosaccharide binding / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / negative regulation of glycolytic process / cellular hyperosmotic salinity response / regulation of gluconeogenesis / dephosphorylation / AMP binding / cellular response to cAMP / gluconeogenesis / response to nutrient levels / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KI / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Fructose-1,6-bisphosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Wang, X.Y. / Zhou, J. / Xu, B.L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Novel Indole Derivatives as Fructose-1,6-bisphosphatase Inhibitors and X-ray Cocrystal Structures Analysis.
著者: Wang, X. / Zhao, R. / Ji, W. / Zhou, J. / Liu, Q. / Zhao, L. / Shen, Z. / Liu, S. / Xu, B.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,09312
ポリマ－147,5504
非ポリマー2,5438
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18700 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area43040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.076, 143.329, 73.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / FBPase 1 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase 1 / Liver FBPase


分子量: 36887.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, FBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-0KI / 7-chloranyl-5-ethyl-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 295.718 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14ClNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→47.78 Å / Num. obs: 33781 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 232384 / Scaling rejects: 82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.76-2.8970.4693081644250.9560.1910.5074.798.5
9.15-47.786.30.0558629340.9980.0210.05428.197.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FIE

2fie


解像度: 2.76→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 14.279 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 1717 5.1 %RANDOM
Rwork0.1923 ---
obs0.1946 32038 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.04 Å2 / Biso mean: 40.721 Å2 / Biso min: 13.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20.03 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9823 0 160 166 10149
Biso mean--42.79 32.17 -
残基数----1285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01310160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0179834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.66613753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.59522737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94151278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01222.596443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.561151782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8081552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022098
LS精密化 シェル解像度: 2.76→2.83 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 117 -
Rwork0.272 2324 -
obs--97.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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