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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eym | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vibrio cholerae ppnP | ||||||
要素 | Pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Pyrimidine / purine / nucleoside phosphorylase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine phosphorylase / pyrimidine-nucleoside phosphorylase / pyrimidine-nucleoside phosphorylase activity / thymidine phosphorylase / thymidine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Wen, Y. / Wu, B.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2022 タイトル: Crystal structures of a new class of pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase revealed a Cupin fold. 著者: Wen, Y. / Li, X. / Guo, W. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eym.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eym.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/7eym | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10273.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ppnP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6V0E6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 30% w/v Polyethylene glycol 8,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 35454 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 26.333 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.667 / Num. unique obs: 6596 / CC1/2: 0.576 / CC star: 0.855 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.976 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EYJ 解像度: 1.38→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→20 Å
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拘束条件 |
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