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- PDB-7ey3: Double cysteine mutations in T1 lipase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ey3
タイトルDouble cysteine mutations in T1 lipase
要素Thermostable lipase
キーワードHYDROLASE / disulphide bond / cysteine / lipase / site-directed mutagenesis / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / extracellular region / metal ion binding / triacylglycerol lipase
機能・相同性情報
生物種Geobacillus zalihae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Hamdan, S.H. / Leow, T.C. / Yahaya, N.M. / Ali, M.S.M. / Jonet, M.A. / Mohamad Aris, S.N.A. / Maiangwa, J.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Knotting terminal ends of mutant T1 lipase with disulfide bond improved structure rigidity and stability.
著者: Hamdan, S.H. / Maiangwa, J. / Nezhad, N.G. / Ali, M.S.M. / Normi, Y.M. / Shariff, F.M. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Leow, T.C.
履歴
登録2021年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable lipase
B: Thermostable lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,80210
ポリマ－86,4742
非ポリマー3288
水6,233346
1
A: Thermostable lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4015
ポリマ－43,2371
非ポリマー1644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
2
B: Thermostable lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4015
ポリマ－43,2371
非ポリマー1644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.174, 81.496, 100.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-634-

HOH

21B-637-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thermostable lipase


分子量: 43237.191 Da / 分子数: 2 / 変異: S2C, A384C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus zalihae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q842J9, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 5種, 354分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5M Sodium chloride, 0.1M Sodium citrate dihydrate pH 5.6, 2 % Ethylene imine polymer

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→40 Å / Num. obs: 59606 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.39 Å2 / CC1/2: 0.861 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.04→2.08 Å / Num. unique obs: 107633 / CC1/2: 0.886

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dsn

2dsn


解像度: 2.04→33.46 Å / SU ML: 0.2283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1998 3.36 %
Rwork0.1879 57543 -
obs0.189 59541 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→33.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6108 0 8 346 6462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00746276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88468536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.003862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.090.28131370.21783942X-RAY DIFFRACTION95.84
2.09-2.150.24251380.20653989X-RAY DIFFRACTION96.92
2.15-2.210.28671410.22294047X-RAY DIFFRACTION97.9
2.21-2.280.25351410.23554069X-RAY DIFFRACTION98.78
2.28-2.360.28721420.21364096X-RAY DIFFRACTION99.44
2.36-2.460.22471440.19654132X-RAY DIFFRACTION99.49
2.46-2.570.23451440.20314137X-RAY DIFFRACTION99.63
2.57-2.710.24511420.20994114X-RAY DIFFRACTION99.7
2.71-2.870.28341440.21934146X-RAY DIFFRACTION99.79
2.87-3.10.26281430.21984125X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.410.21551450.19474159X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.90.19151440.16134155X-RAY DIFFRACTION99.95
3.9-4.910.15021450.13454179X-RAY DIFFRACTION99.95
4.91-33.460.17581480.15224253X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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