PDB-7exo: Structure of legume lectin domain from Methanocaldococcus jannasc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7exo

タイトル

Structure of legume lectin domain from Methanocaldococcus jannaschii in mannose bound form

要素

Legume lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / legume lectin / lectin / Methanocaldococcus jannaschii

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Suguna, K. / Khan, F.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of an L-type lectin domain from archaea.
著者: Khan, F. / Kaza, S.

履歴

登録	2021年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月14日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7exo.cif.gz	64.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7exo.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7exo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7exo_validation.pdf.gz	825.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7exo_full_validation.pdf.gz	826.6 KB	表示
XML形式データ	7exo_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	7exo_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/7exo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/7exo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7elvC 2bqpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Legume lectin

ヘテロ分子

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.030, 55.030, 149.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Legume lectin

分子量: 22661.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ1396
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q58791

#3: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 6種, 170分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.14 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 and 2 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→51.624 Å / Num. obs: 24083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1299 / CC_1/2: 0.743

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BQP

2bqp

解像度: 1.75→51.624 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.174 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 2.089 / SU ML: 0.065 / Average fsc free: 0.9462 / Average fsc work: 0.9519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	1269	5.287 %
R_work	0.1594	22731	-
all	0.161	-	-
obs	-	24000	99.938 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.486 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.469 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.469 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.938 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→51.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1588	0	46	163	1797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.717	1.652	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.505	1.582	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.429	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.437	25.897	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.382	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	0.423	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.101	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.084	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.704	1.669	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.502	1.658	835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.428	2.488	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.258	2.486	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.973	2.085	844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.971	2.089	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.635	3.004	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.633	3.009	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.12	21.783	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.011	21.294	1865

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.293	97	0.323	1640	0.321	1739	0.886	0.875	99.885	0.314
1.795-1.845	0.288	85	0.247	1614	0.249	1699	0.871	0.9	100	0.232
1.845-1.898	0.226	100	0.2	1549	0.202	1649	0.923	0.929	100	0.18
1.898-1.956	0.22	81	0.179	1521	0.181	1602	0.941	0.941	100	0.16
1.956-2.02	0.201	97	0.158	1427	0.16	1524	0.945	0.956	100	0.139
2.02-2.091	0.171	74	0.146	1437	0.147	1511	0.959	0.967	100	0.13
2.091-2.17	0.181	69	0.144	1389	0.146	1458	0.958	0.966	100	0.129
2.17-2.258	0.174	82	0.141	1307	0.143	1389	0.96	0.967	100	0.125
2.258-2.359	0.142	70	0.135	1297	0.135	1368	0.974	0.971	99.9269	0.119
2.359-2.474	0.191	64	0.142	1227	0.145	1292	0.954	0.968	99.9226	0.13
2.474-2.607	0.178	68	0.159	1178	0.16	1246	0.958	0.962	100	0.145
2.607-2.765	0.188	56	0.159	1122	0.16	1178	0.959	0.966	100	0.147
2.765-2.955	0.163	60	0.159	1036	0.159	1096	0.968	0.968	100	0.148
2.955-3.191	0.188	50	0.155	991	0.156	1041	0.965	0.971	100	0.15
3.191-3.494	0.16	62	0.133	906	0.135	969	0.974	0.977	99.8968	0.133
3.494-3.904	0.174	30	0.129	857	0.131	888	0.967	0.978	99.8874	0.133
3.904-4.504	0.159	43	0.137	740	0.138	783	0.973	0.977	100	0.147
4.504-5.506	0.155	38	0.135	655	0.136	693	0.979	0.983	100	0.148
5.506-7.742	0.201	26	0.194	519	0.194	546	0.971	0.967	99.8168	0.203
7.742-51.624	0.171	17	0.242	319	0.237	344	0.983	0.941	97.6744	0.284

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