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- PDB-7exk: An AA9 LPMO of Ceriporiopsis subvermispora -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7exk
タイトルAn AA9 LPMO of Ceriporiopsis subvermispora
要素Glycoside hydrolase family 61 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase / Auxiliary Activity family 9
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61)
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / alpha-D-xylopyranose / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ceriporiopsis subvermispora (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Nguyen, H. / Kondo, K. / Nagata, T. / Katahira, M. / Mikami, B.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03192 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K21477 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06524 日本
引用ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Characterizations of Lytic Polysaccharide Monooxygenase, Which Cooperates Synergistically with Cellulases, from Ceriporiopsis subvermispora.
著者: Nguyen, H. / Kondo, K. / Yagi, Y. / Iseki, Y. / Okuoka, N. / Watanabe, T. / Mikami, B. / Nagata, T. / Katahira, M.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 61 protein
B: Glycoside hydrolase family 61 protein
C: Glycoside hydrolase family 61 protein
D: Glycoside hydrolase family 61 protein
E: Glycoside hydrolase family 61 protein
F: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,38593
ポリマ－137,6166
非ポリマー6,76887
水11,097616
1
A: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,08615
ポリマ－22,9361
非ポリマー1,15014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,79525
ポリマ－22,9361
非ポリマー1,85824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6539
ポリマ－22,9361
非ポリマー7178
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,88214
ポリマ－22,9361
非ポリマー94613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,84213
ポリマ－22,9361
非ポリマー90512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glycoside hydrolase family 61 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,12817
ポリマ－22,9361
非ポリマー1,19216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.063, 52.428, 134.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.553, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 26 or resid 28...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 26 or resid 28...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 26 or resid 28...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 26 or resid 28...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 1 through 26 or resid 28...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 1 through 26 or resid 28...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISHISA1 - 26
d_12ens_1THRASPA30 - 39
d_13ens_1ALASERA41 - 86
d_14ens_1ALAPHEA88 - 113
d_15ens_1ASNTYRA115 - 209
d_16ens_1SERTRPA211 - 217
d_17ens_1GLYGLYA219
d_18ens_1NAGNAGB
d_21ens_1HISHISC1 - 26
d_22ens_1THRASPC28 - 37
d_23ens_1ALASERC41 - 86
d_24ens_1ALAPHEC88 - 113
d_25ens_1ASNTYRC115 - 209
d_26ens_1SERTRPC211 - 217
d_27ens_1GLYGLYC221
d_28ens_1NAGNAGD
d_31ens_1HISHISE1 - 26
d_32ens_1THRASPE28 - 37
d_33ens_1ALASERE39 - 84
d_34ens_1ALAPHEE86 - 111
d_35ens_1ASNTYRE115 - 209
d_36ens_1SERTRPE211 - 217
d_37ens_1GLYGLYE219
d_38ens_1NAGNAGF
d_41ens_1HISHISG1 - 26
d_42ens_1THRASPG28 - 37
d_43ens_1ALASERG39 - 84
d_44ens_1ALAPHEG88 - 113
d_45ens_1ASNTYRG115 - 209
d_46ens_1SERTRPG211 - 217
d_47ens_1GLYGLYG219
d_48ens_1NAGNAGH
d_51ens_1HISHISI1 - 26
d_52ens_1THRASPI30 - 39
d_53ens_1ALASERI43 - 88
d_54ens_1ALAPHEI90 - 115
d_55ens_1ASNTYRI117 - 211
d_56ens_1SERTRPI215 - 221
d_57ens_1GLYGLYI223
d_58ens_1NAGNAGJ
d_61ens_1HISHISK1 - 26
d_62ens_1THRASPK28 - 37
d_63ens_1ALASERK39 - 84
d_64ens_1ALAPHEK86 - 111
d_65ens_1ASNTYRK113 - 207
d_66ens_1SERTRPK209 - 215
d_67ens_1GLYGLYK217
d_68ens_1NAGNAGL

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.564652839337, -0.825299265156, -0.00694938570569), (0.825224256675, -0.564427652418, -0.0206482778978), (0.0131185831162, -0.0173939103958, 0.999762649161)22.783743829, -35.7196152282, 44.8651988861
2given(0.528545315556, 0.848904061436, 0.00132056136819), (0.848159481146, -0.528015261939, -0.0427244391617), (-0.0355716733702, 0.0237018488235, -0.99908602153)-21.6865711447, -8.2551840073, 23.5078055424
3given(-0.389612197177, 0.920976488014, 0.00215507236479), (-0.916926154615, -0.388115892811, 0.0928034521412), (0.0863062152635, 0.034181314678, 0.995682115403)39.2572369748, 53.1818546007, 20.5606903992
4given(0.524400826863, -0.851471266402, 0.000674741985584), (-0.851434709212, -0.52438535277, -0.00888469189706), (0.00791888467532, 0.00408464103095, -0.999960302699)41.521212563, 26.1507695676, 44.5238386155
5given(0.999451603598, -0.0321663026588, -0.00786263556516), (0.0324921487199, 0.998431554113, 0.0455926750952), (0.00638375566062, -0.0458231461604, 0.998929170132)-0.578708703444, -1.75890105826, 67.3701275812

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 61 protein


分子量: 22936.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ceriporiopsis subvermispora (strain B) (菌類)
遺伝子: CERSUDRAFT_85414 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: M2RAI8

-
糖 , 2種, 7分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 696分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 % / 解説: rectangle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.78 mg/mL protein with equal volume of 0.1 M CaCl2, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→48.9 Å / Num. obs: 61984 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 29.39 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 15.46
反射 シェル解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4.49 / Num. unique obs: 7982 / CC1/2: 0.933 / Rrim(I) all: 0.284 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B5Q

4b5q


解像度: 2.14→48.85 Å / SU ML: 0.243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.0288
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 3100 5 %
Rwork0.1723 58863 -
obs0.1752 61963 95.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9750 0 413 616 10779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.909914278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.93073569
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.475775087556
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.434112389669
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.417736004817
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.511389553683
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.453103313593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.180.30371010.20681906X-RAY DIFFRACTION68.38
2.18-2.210.28521090.19632070X-RAY DIFFRACTION74.83
2.21-2.250.26571190.19942272X-RAY DIFFRACTION81.3
2.25-2.290.26521270.19652415X-RAY DIFFRACTION87
2.29-2.340.25321350.19752567X-RAY DIFFRACTION93.14
2.34-2.390.25471460.19542757X-RAY DIFFRACTION98.81
2.39-2.440.26661450.19852770X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.490.26311480.19382806X-RAY DIFFRACTION99.9
2.49-2.560.25071450.19522756X-RAY DIFFRACTION99.79
2.56-2.630.2721490.19152828X-RAY DIFFRACTION99.8
2.63-2.70.26871450.19462745X-RAY DIFFRACTION99.9
2.7-2.790.27611460.19762777X-RAY DIFFRACTION99.86
2.79-2.890.28721480.19132813X-RAY DIFFRACTION99.8
2.89-30.24691460.17992779X-RAY DIFFRACTION99.73
3-3.140.21781470.17912783X-RAY DIFFRACTION99.86
3.14-3.310.24211470.17442803X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.510.21891480.16272814X-RAY DIFFRACTION99.76
3.51-3.790.20241480.15662803X-RAY DIFFRACTION99.86
3.79-4.170.16851470.14392808X-RAY DIFFRACTION99.93
4.17-4.770.19411500.13662842X-RAY DIFFRACTION99.8
4.77-60.2181490.14982835X-RAY DIFFRACTION99.8
6.01-48.850.21391550.18912914X-RAY DIFFRACTION98.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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