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万見
- PDB-7exa: Structure of mumps virus nucleoprotein without C-arm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7exa
タイトルStructure of mumps virus nucleoprotein without C-arm
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nucleocapsid / Mumps virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mumps virus (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shen, Q. / Shan, H. / Zhang, N. / Qin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870743 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural plasticity of mumps virus nucleocapsids with cryo-EM structures.
著者: Hong Shan / Xin Su / Tianhao Li / Yuqi Qin / Na Zhang / Liuyan Yang / Linsha Ma / Yun Bai / Lei Qi / Yunhui Liu / Qing-Tao Shen /
要旨: Mumps virus (MuV) is a highly contagious human pathogen and frequently causes worldwide outbreaks despite available vaccines. Similar to other mononegaviruses such as Ebola and rabies, MuV uses a ...Mumps virus (MuV) is a highly contagious human pathogen and frequently causes worldwide outbreaks despite available vaccines. Similar to other mononegaviruses such as Ebola and rabies, MuV uses a single-stranded negative-sense RNA as its genome, which is enwrapped by viral nucleoproteins into the helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for genome condensation and as a template for RNA replication and transcription. Conformational changes in the MuV nucleocapsid are required to switch between different activities, but the underlying mechanism remains elusive due to the absence of high-resolution structures. Here, we report two MuV nucleoprotein-RNA rings with 13 and 14 protomers, one stacked-ring filament and two nucleocapsids with distinct helical pitches, in dense and hyperdense states, at near-atomic resolutions using cryo-electron microscopy. Structural analysis of these in vitro assemblies indicates that the C-terminal tail of MuV nucleoprotein likely regulates the assembly of helical nucleocapsids, and the C-terminal arm may be relevant for the transition between the dense and hyperdense states of helical nucleocapsids. Our results provide the molecular mechanism for structural plasticity among different MuV nucleocapsids and create a possible link between structural plasticity and genome condensation.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2622
ポリマ－63,2622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18950 Å2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / NP / Protein N


分子量: 61470.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mumps virus (strain Jeryl-Lynn) (ウイルス)
株: Jeryl-Lynn / 遺伝子: N, NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77IS8
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: truncated mumps virus ncleocapsid / タイプ: COMPLEX / 詳細: C-arm, C-tail removed / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mumps rubulavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -16.82 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.49 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192387 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 2.9 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0083030
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6964104
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.055423
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044450
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006537

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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