PDB-7evt: Crystal structure of the N-terminal degron-truncated human glutam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7evt

タイトル

Crystal structure of the N-terminal degron-truncated human glutamine synthetase

要素

Glutamine synthetase

キーワード

LIGASE / Decamer / N-terminal truncated / N-degron

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular ammonium homeostasis / protein palmitoylation / protein S-acyltransferase / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / regulation of protein localization to nucleolus / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of endothelial cell migration / glutamine synthetase / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Chek, M.F. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Hakoshima, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of N-terminal degron-truncated human glutamine synthetase.
著者: Chek, M.F. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Kojima, H. / Hakoshima, T.

履歴

登録	2021年5月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7evt.cif.gz	740.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7evt.ent.gz	520.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7evt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/7evt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/7evt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qc8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fky-1 3fky-2 4bax-d 1acm-1 7at1-1 2a0f-1 2d3a-d 1at1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Glutamine synthetase

B: Glutamine synthetase

C: Glutamine synthetase

D: Glutamine synthetase

E: Glutamine synthetase

F: Glutamine synthetase

G: Glutamine synthetase

H: Glutamine synthetase

I: Glutamine synthetase

J: Glutamine synthetase

419 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.917, 158.866, 118.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.796, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glutamine synthetase / GS / Glutamate--ammonia ligase / Palmitoyltransferase GLUL 分子量: 41856.023 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLUL, GLNS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P15104, glutamine synthetase, protein S-acyltransferase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.07 M sodium citrate (pH 5.1), 10% glycerol and 5.6% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 91909 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 83.5 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.24
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. unique obs: 14650 / CC_1/2: 0.882 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	v1.19.4092	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QC8

2qc8

解像度: 2.95→44.43 Å / SU ML: 0.3624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.7783
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2496	4592	5 %
R_work	0.219	87261	-
obs	0.2206	91853	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→44.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25797	0	0	0	25797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	26497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5662	36033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409	3725
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	4842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.3494	3689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-2.98	0.4129	144	0.3648	2730	X-RAY DIFFRACTION	94.73
2.98-3.02	0.3315	152	0.3145	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.05	0.3379	155	0.2896	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.09	0.3056	151	0.289	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.09-3.13	0.3153	154	0.2834	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.13-3.18	0.3435	153	0.2885	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.18-3.22	0.3512	152	0.271	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.22-3.27	0.3203	152	0.2756	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.32	0.3069	153	0.2785	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.37	0.2806	155	0.2773	2927	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.37-3.43	0.2969	152	0.2769	2896	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.43-3.5	0.286	155	0.2557	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.56	0.2394	152	0.2454	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.64	0.2981	152	0.2491	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.64-3.71	0.2992	154	0.2503	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.8	0.2811	154	0.2428	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-3.9	0.2466	153	0.2335	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4	0.2489	152	0.2276	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.12	0.2619	154	0.2147	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.25	0.2361	153	0.2103	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.4	0.2508	157	0.1957	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.58	0.227	150	0.1881	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-4.79	0.206	154	0.1859	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5.04	0.2107	153	0.1931	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-5.35	0.2367	155	0.1907	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
5.36-5.77	0.2369	153	0.2084	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-6.35	0.2711	156	0.2196	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
6.35-7.26	0.2426	153	0.2045	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
7.26-9.14	0.2127	156	0.1846	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.97
9.14-44.43	0.1879	153	0.1828	2909	X-RAY DIFFRACTION	97.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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