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万見
- PDB-7evh: Odinarchaeota tubulin H393D mutant, in a psuedo protofilament arr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evh
タイトルOdinarchaeota tubulin H393D mutant, in a psuedo protofilament arrangement, bound to 59% GDP, 41% phosphate
要素Tubulin-like protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Asgard (アースガルズ) / tubulin (チューブリン) / GTP / filament
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / 微小管 / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain ...Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / Tubulin-like protein CetZ
類似検索 - 構成要素
生物種Odinarchaeota archaeon
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Akil, C. / Tran, L.T.
資金援助 日本, 米国, 4件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476 日本
Simons FoundationGBMF9743 米国
Other privateMoore Foundation GBMF9743 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution.
著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro ...著者: Caner Akıl / Samson Ali / Linh T Tran / Jérémie Gaillard / Wenfei Li / Kenichi Hayashida / Mika Hirose / Takayuki Kato / Atsunori Oshima / Kosuke Fujishima / Laurent Blanchoin / Akihiro Narita / Robert C Robinson /
要旨: Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic ...Tubulins are critical for the internal organization of eukaryotic cells, and understanding their emergence is an important question in eukaryogenesis. Asgard archaea are the closest known prokaryotic relatives to eukaryotes. Here, we elucidated the apo and nucleotide-bound x-ray structures of an Asgard tubulin from hydrothermal living Odinarchaeota (OdinTubulin). The guanosine 5'-triphosphate (GTP)-bound structure resembles a microtubule protofilament, with GTP bound between subunits, coordinating the "+" end subunit through a network of water molecules and unexpectedly by two cations. A water molecule is located suitable for GTP hydrolysis. Time course crystallography and electron microscopy revealed conformational changes on GTP hydrolysis. OdinTubulin forms tubules at high temperatures, with short curved protofilaments coiling around the tubule circumference, more similar to FtsZ, rather than running parallel to its length, as in microtubules. Thus, OdinTubulin represents an evolutionary stage intermediate between prokaryotic FtsZ and eukaryotic microtubule-forming tubulins.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1453
ポリマ－47,6061
非ポリマー5382
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, purifies as monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.300, 93.342, 100.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tubulin-like protein


分子量: 47606.340 Da / 分子数: 1 / 変異: H393D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Odinarchaeota archaeon (strain LCB_4) (古細菌)
株: LCB_4 / 遺伝子: cetZ, OdinLCB4_01330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9N9N5
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M SPG (2 succinic acid: 7 sodium dihydrogen phosphate), pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 13455 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 526 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6o2r

6o2r


解像度: 2.5→19.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 625 -
Rwork0.199 --
obs-12599 92.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 44.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3329 0 33 45 3407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00483432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56424653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.33161265
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.75 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 28 -
Rwork0.25 --
obs--48.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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