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- PDB-7euu: Crystal structures of 2-oxoglutarate dependent dioxygenase (CTB9)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7euu
タイトルCrystal structures of 2-oxoglutarate dependent dioxygenase (CTB9) in complex with N-oxalylglycine and pre-cercosporin
要素2-oxoglutarate (2-OG)-dependent dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase / cercosporin
機能・相同性COPPER (II) ION / Chem-JD9 / N-OXALYLGLYCINE
機能・相同性情報
生物種Cercospora sojina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Hou, X.D. / Liu, X.Z. / Yuan, Z.B. / Rao, Y.J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Other private2018YFA0901700 中国
Other privateJUSRP12015 中国
Other private2020M671329 中国
Other private2020Z383 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Molecular Basis of the Unusual Seven-Membered Methylenedioxy Bridge Formation Catalyzed by Fe(II)/alpha-KG-Dependent Oxygenase CTB9
著者: Liu, X.Z. / Yuan, Z.B. / Su, H. / Hou, X.D. / Deng, Z.W. / Xu, H.B. / Guo, B.D. / Yin, D. / Sheng, X. / Rao, Y.J.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate (2-OG)-dependent dioxygenase
B: 2-oxoglutarate (2-OG)-dependent dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,79110
ポリマ－77,1722
非ポリマー1,6188
水4,324240
1
A: 2-oxoglutarate (2-OG)-dependent dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3334
ポリマ－38,5861
非ポリマー7473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
2
B: 2-oxoglutarate (2-OG)-dependent dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4576
ポリマ－38,5861
非ポリマー8715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.027, 97.901, 153.045
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-569-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-oxoglutarate (2-OG)-dependent dioxygenase


分子量: 38586.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cercospora sojina (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 248分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-JD9 / 2,6,11-trimethoxy-4,7,9-tris(oxidanyl)-1,12-bis[(2R)-2-oxidanylpropyl]perylene-3,10-dione


分子量: 536.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 mM Bis-Tris pH 6.5, 3% (v/v) glycerol, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30959 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 207362
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.246.30.28315060.9610.1210.3090.96698.4
2.24-2.286.20.2515380.9740.1080.2730.97998.4
2.28-2.326.30.22715370.9770.0970.2470.9796.1
2.32-2.3770.21214700.980.0860.2290.99898.1
2.37-2.426.80.19516040.9820.0790.210.99599.3
2.42-2.486.90.16414890.9890.0670.1771.02397.1
2.48-2.546.70.14615480.9910.060.1581.018100
2.54-2.616.70.12915390.9920.0530.1390.9998.6
2.61-2.696.60.12315470.990.0510.1341.04298.2
2.69-2.776.30.10115600.9930.0440.1110.97599.4
2.77-2.876.60.08515140.9940.0360.0931.01498.6
2.87-2.996.90.07915800.9950.0320.0850.99699.3
2.99-3.1270.07315300.9950.0290.0780.97899
3.12-3.296.90.06415590.9960.0260.0690.97199.3
3.29-3.496.80.05715790.9960.0240.0620.93699.4
3.49-3.766.60.05215540.9960.0220.0560.88599.7
3.76-4.147.20.0515650.9980.020.0540.88599.6
4.14-4.7470.04715550.9970.0190.050.84999.5
4.74-5.976.50.04315870.9970.0180.0470.71199.7
5.97-506.70.04215980.9970.0180.0460.6799.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EUS

7eus


解像度: 2.202→25.444 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 3090 10.05 %
Rwork0.2072 27652 -
obs0.211 30742 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.4 Å2 / Biso mean: 34.4147 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.202→25.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4732 0 108 240 5080
Biso mean--33.33 34.86 -
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7626764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8662956
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.202-2.2360.28731250.2518114790
2.236-2.27270.31021240.2549124196
2.2727-2.31180.36151700.2705119296
2.3118-2.35390.31421270.2614122595
2.3539-2.39910.31241600.2812121199
2.3991-2.4480.3191550.2596124998
2.448-2.50120.34211440.2601122398
2.5012-2.55930.30311530.24761284100
2.5593-2.62330.291450.2511123797
2.6233-2.69410.30821070.2443129299
2.6941-2.77330.28771420.2416128499
2.7733-2.86270.28641340.219125198
2.8627-2.96490.28861480.22691303100
2.9649-3.08340.27591200.2344124198
3.0834-3.22350.27241460.22271287100
3.2235-3.39310.27021340.20641263100
3.3931-3.60510.20511340.1924129499
3.6051-3.88250.22651370.18431265100
3.8825-4.27160.20981600.1715127099
4.2716-4.88590.17921490.15531293100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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