+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7euq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of C86H-Y124N-G126H-H196S mutant of N(omega)-hydroxy-L-arginine hydrolase | ||||||
![]() | N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / antibiotic biosynthetic process / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oda, K. / Matoba, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic mechanism of DcsB: Arginase framework used for hydrolyzing its inhibitor. 著者: Oda, K. / Sakaguchi, T. / Matoba, Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 91.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7eukC ![]() 7eulSC ![]() 7eunC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30032.662 Da / 分子数: 2 / 断片: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / 変異: C86H, Y124N, G126H, H196S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dcsB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: D2Z025, Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 % / Mosaicity: 0.45 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: PEG 4000, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→40.46 Å / Num. obs: 42444 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 137451 / Scaling rejects: 188 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7EUL 解像度: 1.8→39.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.091 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.1456 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.74 Å2 / Biso mean: 26.268 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→39.26 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|