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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eup | ||||||
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タイトル | Structural and mechanistic studies of a novel non-heme iron epimerase/lyase and its utilization in chemoselective synthesis. | ||||||
要素 | Cupin domain-containing protein | ||||||
キーワード | ISOMERASE / non-heme iron epimerase/lyase | ||||||
機能・相同性 | RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / : / (2S,3R)-2-azanyl-3-phenyl-butanoic acid / Cupin domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces albus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1104343131 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T.L. / Li, Y.S. / Chen, M.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Structural and Mechanistic Bases for StnK3 and Its Mutant-Mediated Lewis-Acid-Dependent Epimerization and Retro-Aldol Reactions. 著者: Chen, M.H. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Wang, Y.L. / Wang, Z.C. / Chang, C.F. / Lin, J.P. / Chang, C.Y. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eup.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eup.ent.gz | 42.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eup | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13831.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 遺伝子: stnK3, G3260_000576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7PIL3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.2 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic, pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→30 Å / Num. obs: 17329 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 31.4590347307 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.19 Å / Num. unique obs: 1728 / Rsym value: 0.524 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J4C 解像度: 2.1104343131→23.1942902442 Å / SU ML: 0.188487912494 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.3677339183 / 位相誤差: 21.8877147141 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.8330893076 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1104343131→23.1942902442 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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