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- PDB-7ety: Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ety
タイトルCrystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) from Corynebacterium glutamicum in complex with reduced 1-(O-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5-phosphate (rCdRP)
要素Tryptophan biosynthesis protein TrpCF
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Tryptophan biosynthesis / amino acid / bifunctional
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
N-(5'phosphoribosyl) anthranilate isomerase (PRAI) domain / N-(5'phosphoribosyl)anthranilate (PRA) isomerase / Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-137 / Tryptophan biosynthesis protein TrpCF
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Park, W.J. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure and Functional Characterization of the Bifunctional N -(5'-Phosphoribosyl)anthranilate Isomerase-indole-3-glycerol-phosphate Synthase from Corynebacterium glutamicum
著者: Park, W. / Son, H.F. / Lee, D. / Kim, I.K. / Kim, K.J.
履歴
登録2021年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan biosynthesis protein TrpCF
B: Tryptophan biosynthesis protein TrpCF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,71818
ポリマ－103,2082
非ポリマー2,51016
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9930 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area32940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.740, 98.163, 116.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan biosynthesis protein TrpCF


分子量: 51604.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: trpC, trpCF, Cgl3033, cg3362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06560, indole-3-glycerol-phosphate synthase, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-137 / 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE


分子量: 351.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% (v/v) PEG 3350, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 51884 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 2.746 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 286005
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.244.70.28925400.8760.1410.3231.64998.7
2.24-2.284.70.27625600.8840.1350.3081.7198.8
2.28-2.324.80.25125570.9070.1210.281.71898.8
2.32-2.374.80.24125430.9160.1160.2691.83398.6
2.37-2.424.80.22525290.9340.1070.251.81798.5
2.42-2.484.90.20425530.9470.0970.2271.84998.8
2.48-2.5450.19625300.9550.0910.2172.03298.5
2.54-2.615.10.18225640.960.0840.2012.19698.9
2.61-2.695.10.16625790.9710.0760.1832.23999.3
2.69-2.775.20.14925730.9770.0680.1642.34499.2
2.77-2.875.30.13725820.9830.0620.1512.39498.8
2.87-2.995.50.1225940.9860.0530.1322.54999.2
2.99-3.125.70.10925690.9860.0480.1192.80299.5
3.12-3.2960.09926110.990.0430.1082.93299.6
3.29-3.496.30.0926240.9930.0370.0973.36899.7
3.49-3.766.50.08126270.9940.0330.0883.81999.7
3.76-4.146.60.0726260.9960.0290.0763.90399.8
4.14-4.746.50.06626530.9950.0270.0724.19899.5
4.74-5.976.40.06226680.9960.0260.0673.33199.6
5.97-5060.05728020.9970.0250.0633.62598.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→34.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.736 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 2538 4.9 %RANDOM
Rwork0.1515 ---
obs0.1543 49311 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.38 Å2 / Biso mean: 27.097 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2--1.33 Å2-0 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6987 0 164 463 7614
Biso mean--42.96 31.46 -
残基数----931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0137270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.6299856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3361.57615998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2075930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5621.397365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.415151152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0171559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021606
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 174 -
Rwork0.192 3501 -
obs--96.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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