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万見
- PDB-7ets: Crystal structure of crp protein from Gardnerella Vaginalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ets
タイトルCrystal structure of crp protein from Gardnerella Vaginalis
要素Crp/Fnr family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / cAMP receptor protein / Gardnerella Vaginalis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Crp/Fnr family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Gardnerella vaginalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Dong, H.J. / Wang, S. / Zhang, J.M. / Gu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of crp protein from Gardnerella Vaginalis
著者: Dong, H.J. / Wang, S. / Zhang, J.M. / Gu, L.
履歴
登録2021年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crp/Fnr family transcriptional regulator
B: Crp/Fnr family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8855
ポリマ－51,6642
非ポリマー2213
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.953, 85.471, 56.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.685, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Crp/Fnr family transcriptional regulator / cAMP receptor protein


分子量: 25831.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gardnerella vaginalis (バクテリア)
遺伝子: AXE75_06165, CG405_03440, CYJ58_00485, CYJ65_00490, CYJ68_02605, EGX90_02820
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J8F7K9
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% 2-propanol, 100mM Imidazole/Hydrochric acid, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→28 Å / Num. obs: 24348 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 57.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 2.318
反射 シェル解像度: 2.223→2.302 Å / Num. unique obs: 2226 / CC1/2: 0.947

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BYY

4byy


解像度: 2.22→28 Å / SU ML: 0.3144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.8201
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1230 5.06 %
Rwork0.2382 23086 -
obs0.2402 24316 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3571 0 14 99 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55484940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.82831391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.310.391020.39362402X-RAY DIFFRACTION91.62
2.31-2.420.33671240.32592579X-RAY DIFFRACTION99.85
2.42-2.540.32661490.31812615X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.70.3451260.32172590X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.910.35131630.29672581X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.20.34121440.28982598X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.670.27571670.23862578X-RAY DIFFRACTION99.85
3.67-4.620.25021250.20892569X-RAY DIFFRACTION97.29
4.62-280.23661300.20232574X-RAY DIFFRACTION96.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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