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万見
- PDB-7etr: Crystal structure of SO_1444-SO_1445 complex from Shewanella onei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7etr
タイトルCrystal structure of SO_1444-SO_1445 complex from Shewanella oneidensis
要素
  • Toxin module of toxin-antitoxin system RelE/StbE family
  • Transcriptional regulator CopG family
キーワードTOXIN / toxin-antitoxin / ParE toxin / neutralization mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator CopG family / Toxin module of toxin-antitoxin system RelE/StbE family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.804 Å
データ登録者Zhou, J. / Zhang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1732113, 31670059 中国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2021
タイトル: Insights into the Neutralization and DNA Binding of Toxin-Antitoxin System ParE SO-CopA SO by Structure-Function Studies.
著者: Zhou, J. / Du, X.J. / Liu, Y. / Gao, Z.Q. / Geng, Z. / Dong, Y.H. / Zhang, H.
履歴
登録2021年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator CopG family
B: Transcriptional regulator CopG family
C: Toxin module of toxin-antitoxin system RelE/StbE family
D: Toxin module of toxin-antitoxin system RelE/StbE family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4294
ポリマ－46,4294
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.404, 85.404, 110.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator CopG family / Antitoxin SO_1445


分子量: 11980.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGZ2
#2: タンパク質 Toxin module of toxin-antitoxin system RelE/StbE family / Toxin SO_1444


分子量: 11233.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1444 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EGZ3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 and 0.2 M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 7720 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 133 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 52
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 375 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.752 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.804→33.93 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 38.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3078 770 10.04 %
Rwork0.2875 6897 -
obs0.2895 7667 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 310.63 Å2 / Biso mean: 138.358 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.804→33.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2582 0 0 0 2582
残基数----315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8063583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.971624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.8041-4.04210.40431240.35291147100
4.0421-4.35360.36461320.29611148100
4.3536-4.79060.3071320.31561158100
4.7906-5.48130.37991230.31591144100
5.4813-6.89640.34081270.32641158100
6.8964-33.90.24431320.2361114299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 88.5833 Å / Origin y: 53.4863 Å / Origin z: 18.3364 Å
111213212223313233
T0.6654 Å20.1382 Å2-0.1003 Å2-0.8639 Å20.0373 Å2--0.7218 Å2
L0.5096 °2-1.1746 °20.7788 °2-0.5533 °21.0904 °2---0.0986 °2
S0.2598 Å °-0.0226 Å °-0.2606 Å °0.0139 Å °0.0412 Å °0.3947 Å °0.1652 Å °-0.0493 Å °0.077 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 93
2X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 77
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 93
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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