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- PDB-7etk: The complex structure of FtmOx1 bond with fumitremorgen B at 1.22... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7etk
タイトルThe complex structure of FtmOx1 bond with fumitremorgen B at 1.22 angstrom
要素Verruculogen synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex / FtmOx1 / fumitremorgen B
機能・相同性
機能・相同性情報


verruculogen synthase / verruculogen biosynthetic process / dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH)
類似検索 - ドメイン・相同性
fumitremorgen B / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Verruculogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22027438779 Å
データ登録者Zhou, J.H. / Wu, L.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into the Catalytic Mechanism of the Endoperoxide Synthase FtmOx1.
著者: Wu, L. / Wang, Z. / Cen, Y. / Wang, B. / Zhou, J.
履歴
登録2021年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Verruculogen synthase
B: Verruculogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,00915
ポリマ－70,1642
非ポリマー1,84513
水9,062503
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.024, 77.782, 62.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.708, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Verruculogen synthase / Fumitremorgin biosynthesis protein F


分子量: 35082.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WAW9, verruculogen synthase

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非ポリマー , 6種, 516分子

#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-4Q1 / fumitremorgen B / (5aR,6S,12S,14aS)-5a,6-dihydroxy-9-methoxy-11-(3-methylbut-2-en-1-yl)-12-(2-methylprop-1-en-1-yl)-1,2,3,5a,6,11,12,14a- octahydro-5H,14H-pyrrolo[1'',2'':4',5']pyrazino[1',2':1,6]pyrido[3,4-b]indole-5,14-dione / フミトレモルギンB


分子量: 479.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N3O5
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-tris pH 7.0, 1.8 M Ammonium sulfate and 0.1 M sodium malonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97854 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 168451 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 14.950533938 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 26.95
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / Num. unique obs: 7861 / CC1/2: 0.833

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZON

4zon
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.22027438779→30.2180349605 Å / SU ML: 0.103925944078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35405927813 / 位相誤差: 17.1346224084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172045210861 7924 5.13638249326 %
Rwork0.150430529054 146348 -
obs0.15155900346 154272 90.7562431979 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.4714557258 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22027438779→30.2180349605 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4494 0 118 503 5115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00728685990434870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.083757846846668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084387976866737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00664667149074879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.70687351051873
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2203-1.23410.2296553856071410.1952734548242565X-RAY DIFFRACTION48.1409001957
1.2341-1.24870.2065912135731840.1757767456353003X-RAY DIFFRACTION56.5371651588
1.2487-1.26390.1972394833791650.1701481224693365X-RAY DIFFRACTION62.1369477205
1.2639-1.27990.1819633497851960.1676869371193609X-RAY DIFFRACTION67.8737067428
1.2799-1.29670.2031211702092130.1632037797833882X-RAY DIFFRACTION72.0950704225
1.2967-1.31450.1892310186752630.1572998144444065X-RAY DIFFRACTION76.9012082445
1.3145-1.33330.1756080955642110.1593037632354310X-RAY DIFFRACTION80.6026029595
1.3333-1.35320.1915331184322660.1592899713284412X-RAY DIFFRACTION82.1566561293
1.3532-1.37430.1985224498372750.1551429276954691X-RAY DIFFRACTION88.1903747114
1.3743-1.39680.1971203036622830.1498519144095168X-RAY DIFFRACTION96.3414634146
1.3968-1.42090.166204374362810.1424487324595342X-RAY DIFFRACTION98.7183988764
1.4209-1.44680.1858759528633080.1372900401455317X-RAY DIFFRACTION99.5399044417
1.4468-1.47460.1711301288632810.1374111392345317X-RAY DIFFRACTION99.8394863563
1.4746-1.50470.165073776892750.1349672139795378X-RAY DIFFRACTION99.6474528468
1.5047-1.53740.1946302696032450.1345582097495373X-RAY DIFFRACTION99.7160099397
1.5374-1.57320.1662898928912790.1310228602555288X-RAY DIFFRACTION98.8458806818
1.5732-1.61250.1644102473952630.1246419348955359X-RAY DIFFRACTION99.0660792952
1.6125-1.65610.1583563598012790.1279497227245399X-RAY DIFFRACTION99.9296022527
1.6561-1.70480.1555699323142510.133924161525394X-RAY DIFFRACTION99.9822883457
1.7048-1.75990.1709527907972840.1357471709185374X-RAY DIFFRACTION99.8235709245
1.7599-1.82280.1674800614912740.138271696575400X-RAY DIFFRACTION99.9823788546
1.8228-1.89570.1641803901552980.1379183103515325X-RAY DIFFRACTION99.6455785929
1.8957-1.9820.1643567671382580.140778292465368X-RAY DIFFRACTION98.7710674157
1.982-2.08650.1574359885423110.1368500677585344X-RAY DIFFRACTION99.8058595129
2.0865-2.21710.1536929428472950.1407798460515403X-RAY DIFFRACTION99.8773006135
2.2171-2.38830.1660536093953200.1475082184825349X-RAY DIFFRACTION99.8590805003
2.3883-2.62850.1763699365552910.1592222496245370X-RAY DIFFRACTION99.858881637
2.6285-3.00850.1904887420092950.1692123717415336X-RAY DIFFRACTION98.9457037428
3.0085-3.78930.1612806220323360.153389745925398X-RAY DIFFRACTION99.8606757227
3.7893-30.2180.184509254153030.167191953545444X-RAY DIFFRACTION99.1032936713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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