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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7esp | ||||||
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タイトル | Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomonas aeruginosa phage phiYY | ||||||
要素 | Packaging NTPase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Cystoviruses / phiYY P4 / NTPase / VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / viral genome packaging / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / D(-)-TARTARIC ACID / Packaging NTPase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage phiYY (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, C.Y. / Jin, T.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022 タイトル: Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomonas aeruginosa phage phiYY. 著者: Zhang, C. / Li, Y. / Samad, A. / Zheng, P. / Ji, Z. / Chen, F. / Zhang, H. / Jin, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7esp.cif.gz | 400 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7esp.ent.gz | 325.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7esp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7esp_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7esp_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7esp_validation.xml.gz | 77.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7esp_validation.cif.gz | 104.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37338.531 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiYY (ファージ) 遺伝子: phiYY_sL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9AK63 #2: 化合物 | ChemComp-TAR / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 200 mM NH4 tartrate, 20% PEG2000 MME, phosphate pH 7.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→40.97 Å / Num. obs: 1250846 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.56 Å / Num. unique obs: 198187 / CC1/2: 0.834 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4blp 解像度: 2.43→40.97 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.52 Å2 / Biso mean: 61.5639 Å2 / Biso min: 34.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.43→40.97 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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