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万見
- PDB-7eru: Crystal structure of L-histidine decarboxylase (C57S mutant) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eru
タイトルCrystal structure of L-histidine decarboxylase (C57S mutant) from Photobacterium phosphoreum
要素Histidine decarboxylase
キーワードLYASE / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Histidine decarboxylase, bacteria / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium phosphoreum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Oda, Y. / Nakata, K. / Yamaguchi, H. / Kashiwagi, T. / Miyano, H. / Mizukoshi, T.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the enhanced thermostability of cysteine substitution mutants of L-histidine decarboxylase from Photobacterium phosphoreum.
著者: Oda, Y. / Nakata, K. / Miyano, H. / Mizukoshi, T. / Yamaguchi, H. / Kashiwagi, T.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1911
ポリマ－42,1911
非ポリマー00
水00
1
A: Histidine decarboxylase

A: Histidine decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3812
ポリマ－84,3812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area9470 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.434, 111.434, 126.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Histidine decarboxylase / HDC


分子量: 42190.547 Da / 分子数: 1 / 変異: C57S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium phosphoreum (バクテリア)
遺伝子: hdc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1JU62, histidine decarboxylase
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG1000, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→100 Å / Num. obs: 11390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / Num. unique obs: 11390 / CC1/2: 0.949

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-20002.3.10データスケーリング
HKL-20002.3.10データ収集
MOLREP11.0.05位相決定
HKL-20002.3.10データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F9T

3f9t


解像度: 2.85→45.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 14.1 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 567 5 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1893 10789 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.56 Å2 / Biso mean: 57.263 Å2 / Biso min: 23.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0.2 Å2-0 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→45.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2965 0 0 0 2965
残基数----373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.634114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2221.5836434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6145372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68323.526156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.84815506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7161512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02696
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 49 -
Rwork0.231 766 -
all-815 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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