PDB-7erl: GH43 domain of bifunctional endoxylanase and arabinofuranosidase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7erl

タイトル

GH43 domain of bifunctional endoxylanase and arabinofuranosidase of Bi0569

要素

Beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / endo-xylanase / arabinofuranosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides intestinalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.89329827548 Å

データ登録者

Liu, D. / Wang, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of bifunctional endoxylanase and arabinofuranosidaseat GH43 domain of Bi0569 protein
著者: Liu, D. / Wang, C.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7erl.cif.gz	286.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7erl.ent.gz	184.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7erl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-xylanase

B: Beta-xylanase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.790, 103.585, 167.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-xylanase 分子量: 60870.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides intestinalis (バクテリア) 遺伝子: BILFYP9_04406 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N2X8R5, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350 15% ,0.2M NH4CL,0.1M MES6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 102587 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 25.4983130399 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 35.72
反射シェル	解像度: 1.8→10 Å / Num. unique obs: 50 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
cctbx.xfel		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.89329827548→49.4879367867 Å / SU ML: 0.18635863549 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36423523087 / 位相誤差: 18.7818848346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202526614625	5182	5.05137153218 %
R_work	0.172262209269	97404	-
obs	0.173777286973	102586	99.6503021001 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.0826909965 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89329827548→49.4879367867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8546	0	48	487	9081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00759420567639	8838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974232324945	12023
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0650747477226	1259
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00574327800644	1586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.76083659037	5169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8933-1.9148	0.304848618186	145	0.252535869193	2953	X-RAY DIFFRACTION	92.8378783338
1.9148-1.9373	0.278256843648	167	0.238338434984	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.9118424919
1.9373-1.961	0.282354445554	156	0.219536767801	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.8820058997
1.961-1.9858	0.279033710981	186	0.209670537276	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.9417419167
1.9858-2.0119	0.232013597056	158	0.199666244244	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.8503889886
2.0119-2.0395	0.240370265894	169	0.201557317418	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.8237367803
2.0395-2.0686	0.21780037204	175	0.202017434722	3223	X-RAY DIFFRACTION	99.8824221046
2.0686-2.0995	0.225407873662	169	0.193318706602	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.8524638536
2.0995-2.1323	0.242366666501	177	0.181305749785	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.9703879183
2.1323-2.1673	0.221528689124	198	0.172577678611	3230	X-RAY DIFFRACTION	99.8834498834
2.1673-2.2046	0.187966600726	182	0.177693173488	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.9118942731
2.2046-2.2447	0.215117176559	171	0.17987268617	3220	X-RAY DIFFRACTION	99.9705188679
2.2447-2.2879	0.216924800238	186	0.17791564656	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.8825601879
2.2879-2.3346	0.219486397385	173	0.173662918436	3213	X-RAY DIFFRACTION	99.9114783122
2.3346-2.3854	0.210952765046	172	0.170416593742	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.9708624709
2.3854-2.4408	0.196786840684	151	0.172065647614	3261	X-RAY DIFFRACTION	99.8829039813
2.4408-2.5019	0.203034956478	178	0.165829965142	3222	X-RAY DIFFRACTION	99.8238402819
2.5019-2.5695	0.219936043064	155	0.166864895493	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.9415375621
2.5695-2.6451	0.194821072042	180	0.171920713235	3263	X-RAY DIFFRACTION	99.9419448476
2.6451-2.7305	0.230443937258	180	0.169038429378	3244	X-RAY DIFFRACTION	99.9124598774
2.7305-2.8281	0.185256634701	149	0.160505656916	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.9707602339
2.8281-2.9413	0.207713986821	193	0.158625517442	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.9708879185
2.9413-3.0752	0.187324286972	193	0.154001376573	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0752-3.2373	0.168290968712	181	0.151848075923	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.9711149624
3.2373-3.44	0.15437731455	141	0.147027637677	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.7056	0.18976815074	182	0.151569344466	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7056-4.0783	0.17799210761	187	0.161365700917	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0783-4.6681	0.188734423653	175	0.159020809799	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.8289136014
4.6681-5.8797	0.202326541392	183	0.183175189011	3349	X-RAY DIFFRACTION	99.8868778281
5.8797-10	0.21284661136	170	0.202181493453	3502	X-RAY DIFFRACTION	98.9757412399

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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