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- PDB-7er3: Crystal structure of beta-lactoglobulin complexed with chloroquine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7er3
タイトルCrystal structure of beta-lactoglobulin complexed with chloroquine
要素Major allergen beta-lactoglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-lactoglobulin / chloroquine
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0TX / Major allergen beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Yao, Q. / Ma, J. / Xing, Y. / Zang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972018 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Binding of Chloroquine to Whey Protein Relieves Its Cytotoxicity while Enhancing Its Uptake by Cells.
著者: Yao, Q. / Xing, Y. / Ma, J. / Wang, C. / Zang, J. / Zhao, G.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major allergen beta-lactoglobulin
B: Major allergen beta-lactoglobulin
C: Major allergen beta-lactoglobulin
D: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8298
ポリマ－73,5494
非ポリマー1,2794
水41423
1
A: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7072
ポリマ－18,3871
非ポリマー3201
水181
タイプ名称対称操作数
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2
B: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7072
ポリマ－18,3871
非ポリマー3201
水181
タイプ名称対称操作数
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3
C: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7072
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水181
タイプ名称対称操作数
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4
D: Major allergen beta-lactoglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7072
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単位格子
Length a, b, c (Å)150.118, 66.953, 78.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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NCSドメイン領域:
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-
要素

#1: タンパク質
Major allergen beta-lactoglobulin


分子量: 18387.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: B5B0D4
#2: 化合物
ChemComp-0TX / (4S)-N~4~-(7-chloroquinolin-4-yl)-N~1~,N~1~-diethylpentane-1,4-diamine / (S)-クロロキン


分子量: 319.872 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26ClN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization
詳細: 1000 mM Sodium citrate tribasic, 100 mM Tris-HCl (pH 7.0) and 200 mM Sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→29.595 Å / Num. obs: 21922 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.961 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å / Num. unique obs: 21922 / CC1/2: 0.961

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-30003.27データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIXv1.10.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IO6

5io6


解像度: 2.598→29.595 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 41.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3244 1098 5.02 %
Rwork0.2472 --
obs0.2514 21862 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.76 Å2 / Biso mean: 66.8453 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.598→29.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5144 0 192 23 5359
Biso mean--88.57 45.97 -
残基数----648
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2652X-RAY DIFFRACTION19.072TORSIONAL
12B2652X-RAY DIFFRACTION19.072TORSIONAL
13C2652X-RAY DIFFRACTION19.072TORSIONAL
14D2652X-RAY DIFFRACTION19.072TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.5976→2.7157 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3957 117 -
Rwork0.2865 --
obs-2299 87 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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