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- PDB-7er0: Crystal structure of capsid P domain of norovirus GI.3 VA115 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7er0
タイトルCrystal structure of capsid P domain of norovirus GI.3 VA115
要素capsid P domain
キーワードVIRAL PROTEIN / histo-blood group antigens / human norovirus / viral receptor
生物種Norovirus GI.3 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.183 Å
データ登録者Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into Terminal Galactose Recognition by Two Non-HBGA Binding GI.3 Noroviruses.
著者: Wang, C. / Kang, H. / Tan, M. / Cong, J. / Su, D. / Li, X. / Chen, Y.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid P domain
B: capsid P domain
C: capsid P domain
D: capsid P domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,1784
ポリマ－141,1784
非ポリマー00
水19,5461085
1
A: capsid P domain
B: capsid P domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5892
ポリマ－70,5892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
2
C: capsid P domain
D: capsid P domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5892
ポリマ－70,5892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.275, 60.001, 92.368
Angle α, β, γ (deg.)101.890, 97.730, 110.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
capsid P domain


分子量: 35294.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GI.3 (ウイルス) / Variant: VA115 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1085 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.2M Sodium formate pH 6.4, 17% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.183→50 Å / Num. obs: 54367 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 2.297 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.70.35419500.9510.1980.4082.65567.9
2.24-2.282.80.1424280.9510.0960.174.83684
2.28-2.324.20.29226430.9650.1540.3322.40891.2
2.32-2.375.70.19927100.9860.0910.2191.96294.2
2.37-2.425.70.18227410.9870.0840.2011.91694.5
2.42-2.485.70.18226860.9860.0840.21.92594.6
2.48-2.545.70.16327980.9880.0750.181.90295
2.54-2.615.70.14427410.9920.0660.1592.03595.1
2.61-2.695.70.13227420.9910.060.1452.0795.4
2.69-2.775.70.1227700.9930.0550.1322.09295.8
2.77-2.875.70.10427780.9950.0480.1142.13695.9
2.87-2.995.80.08927690.9950.0410.0982.14996.3
2.99-3.125.80.07928070.9960.0360.0872.21596.6
3.12-3.295.80.07127910.9960.0320.0782.32896.9
3.29-3.495.80.06428150.9980.0290.072.4697.2
3.49-3.765.10.06728170.9960.0330.0753.35997.3
3.76-4.145.10.0628070.9970.0290.0673.27997.6
4.14-4.745.80.04628250.9980.0210.052.33798.4
4.74-5.975.80.04628820.9980.0210.0512.11598.9
5.97-505.80.03928670.9990.0180.0431.93199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P25

4p25


解像度: 2.183→41.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.802 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2841 5.3 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.188 51267 92.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.72 Å2 / Biso mean: 18.069 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0.63 Å2-1.77 Å2
2--0.05 Å2-0.18 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.183→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9227 0 0 1085 10312
Biso mean---24.09 -
残基数----1208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0139508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.64412994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1781.56219555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.74651204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21523.19464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.229151369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9761540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021941
LS精密化 シェル解像度: 2.183→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.498 121 -
Rwork0.375 2496 -
all-2617 -
obs--60.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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