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万見
- PDB-7eqw: Crystal structure of capsid P domain of norovirus GI.3 DSV comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqw
タイトルCrystal structure of capsid P domain of norovirus GI.3 DSV complexed with NA2 N-glycan
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / histo-blood group antigens / human norovirus / viral receptor
機能・相同性Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Desert Shield virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into Terminal Galactose Recognition by Two Non-HBGA Binding GI.3 Noroviruses.
著者: Wang, C. / Kang, H. / Tan, M. / Cong, J. / Su, D. / Li, X. / Chen, Y.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32022年10月5日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3453
ポリマ－70,8002
非ポリマー5451
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Elution volumn at about 10ml on Superdex75
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.292, 100.808, 103.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 35399.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Desert Shield virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66418
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a2-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M Sodium tartrate dibasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 36381 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.216 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 379887
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.194.60.57116680.7720.2720.6380.52990.9
2.19-2.235.60.48717230.8220.2110.5340.59197.8
2.23-2.2770.46617720.8790.180.5020.66698.2
2.27-2.328.30.45118050.9130.1610.480.6599.7
2.32-2.379.30.44417970.930.150.4690.68699.5
2.37-2.4210.10.42518110.9410.1370.4470.719100
2.42-2.4810.80.40318140.9570.1260.4230.73699.9
2.48-2.55110.36517900.9590.1120.3820.837100
2.55-2.6211.20.32718180.9690.0990.3430.937100
2.62-2.7111.20.30218130.9710.0910.3161.051100
2.71-2.8111.40.27118170.9760.0810.2831.202100
2.81-2.9211.60.23118080.9830.0690.2421.432100
2.92-3.0511.70.22718540.9870.0670.2371.472100
3.05-3.2111.80.19718110.9840.0580.2051.766100
3.21-3.4111.90.17618300.9870.0520.1841.68100
3.41-3.6811.90.16618500.9850.0490.1741.625100
3.68-4.05120.15818560.9890.0470.1651.592100
4.05-4.6312.30.14518560.9890.0420.1511.46100
4.63-5.8312.40.13119010.9920.0380.1361.584100
5.83-5011.70.10419870.990.0320.1091.41799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EQS

7eqs


解像度: 2.15→32.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.093 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 1734 4.8 %RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.1831 34588 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.72 Å2 / Biso mean: 33.49 Å2 / Biso min: 14.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→32.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4599 0 37 472 5108
Biso mean--72.79 38.9 -
残基数----600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134775
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.6526527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1671.5719760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.695597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24223.133233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49815687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9881520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02974
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 117 -
Rwork0.25 2320 -
all-2437 -
obs--90.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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