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- PDB-7eqs: Crystal structure of capsid P domain of norovirus GI.3 DSV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqs
タイトルCrystal structure of capsid P domain of norovirus GI.3 DSV
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / histo-blood group antigens / human norovirus / viral receptor
機能・相同性Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Desert Shield virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into Terminal Galactose Recognition by Two Non-HBGA Binding GI.3 Noroviruses.
著者: Wang, C. / Kang, H. / Tan, M. / Cong, J. / Su, D. / Li, X. / Chen, Y.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32022年10月5日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8002
ポリマ－70,8002
非ポリマー00
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Elution volumn at about 10ml on Superdex75
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.543, 100.980, 103.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 35399.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Desert Shield virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66418
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M Sodium tartrate dibasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 38522 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.198 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.144.50.37414761.434176.2
2.14-2.184.80.34215891.407182.5
2.18-2.225.10.29717961.353192.4
2.22-2.265.90.26619451.313198.8
2.26-2.316.80.26319181.292199.3
2.31-2.377.20.2519461.285199
2.37-2.427.20.22719511.238199.9
2.42-2.497.20.22119441.29199.4
2.49-2.567.20.19219411.24199.5
2.56-2.657.20.17419761.193199.9
2.65-2.747.20.15319521.152199.9
2.74-2.857.30.12619551.131199.8
2.85-2.987.20.11219871.146199.9
2.98-3.147.30.09519701.1281100
3.14-3.337.30.08119761.2051100
3.33-3.597.30.06919911.1131100
3.59-3.957.30.06320001.061100
3.95-4.527.20.05720171.1551100
4.52-5.77.20.05420411.0721100
5.7-506.80.04821511.109199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P25

4p25


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.86 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 1929 5 %RANDOM
Rwork0.1848 ---
obs0.1871 36538 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.87 Å2 / Biso mean: 29.101 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4604 0 0 478 5082
Biso mean---36.73 -
残基数----601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194739
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.9446474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9139693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.565598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96924.366213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7815686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4961520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02953
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 102 -
Rwork0.229 2113 -
all-2215 -
obs--77.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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