[日本語] English
万見
- PDB-7eqr: Crystal structure of Truncated (Delta 1-19) Chitoporin VhChiP fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqr
タイトルCrystal structure of Truncated (Delta 1-19) Chitoporin VhChiP from Vibrio harveyi in complex with chitohexaose
要素Chitoporin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer-membrane protein / Sugar-specific porin / Marine bacteria / Chitooligosacharide / Porin
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75003171354 Å
データ登録者Aunkham, A. / Sanram, S. / Suginta, S.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Vidyasirimedhi Institute of Science and Technology (VISTEC) タイ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural displacement model of chitooligosaccharide transport through chitoporin.
著者: Sanram, S. / Aunkham, A. / Robinson, R. / Suginta, W.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chitoporin
B: Chitoporin
C: Chitoporin
D: Chitoporin
E: Chitoporin
F: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,99153
ポリマ－218,8176
非ポリマー13,17447
水5,477304
1
A: Chitoporin
B: Chitoporin
C: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,61930
ポリマ－109,4093
非ポリマー7,21127
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Chitoporin
E: Chitoporin
F: Chitoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,37223
ポリマ－109,4093
非ポリマー5,96420
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.000, 131.226, 136.586
Angle α, β, γ (deg.)65.799, 87.826, 86.897
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Chitoporin


分子量: 36469.539 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0RVU0

-
糖 , 5種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1237.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1033.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 344分子

#7: 化合物...
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.8
詳細: 10 mM GlcNAc6 , 0.125 M Lithium nitrate, 0.1 M Glycine pH 9.8, 45 % v/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月17日
詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator , A Pair of K-B Focusing Mirrors
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed Exit Double Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 98809 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / CC1/2: 0.75 / CC star: 0.926 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.188 / Rsym value: 0.138 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 98809 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MDO

5mdo


解像度: 2.75003171354→19.8910427457 Å / SU ML: 0.295385871173 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96346217736 / 位相誤差: 23.4658288747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222748080602 4784 5.56946109876 %
Rwork0.179783098027 81113 -
obs0.182204428945 85897 90.3627259147 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.2929439915 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75003171354→19.8910427457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15462 0 684 304 16450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0090821632159316524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0417057067222333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05393997289532216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0050913979522939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2919465259336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75003171354-2.78120.282641285062830.2238247579151818X-RAY DIFFRACTION60.4259376987
2.7812-2.81380.2680134985141130.2154432566151920X-RAY DIFFRACTION64.4169835234
2.8138-2.8480.289880945607980.2011063566612015X-RAY DIFFRACTION66.8247944339
2.848-2.8840.2792529581431250.2137994611092102X-RAY DIFFRACTION69.59375
2.884-2.92180.2419991636741190.2139498291872242X-RAY DIFFRACTION74.904822335
2.9218-2.96170.2532697586681250.2116309089812335X-RAY DIFFRACTION78.3439490446
2.9617-3.00390.267250732191390.2166039612182388X-RAY DIFFRACTION79.6407185629
3.0039-3.04860.2649944940661650.2316180181682548X-RAY DIFFRACTION83.2719459791
3.0486-3.0960.2733643354771450.2171048971742509X-RAY DIFFRACTION85.5025773196
3.096-3.14660.2869740958851850.2080386287822545X-RAY DIFFRACTION87.5280538634
3.1466-3.20070.2426516423541880.2049987554692712X-RAY DIFFRACTION89.8110870238
3.2007-3.25860.2514850032821880.1957941310792781X-RAY DIFFRACTION93.0137844612
3.2586-3.3210.2600223552861720.1948063717082823X-RAY DIFFRACTION95.4125517681
3.321-3.38850.2329376031631680.1931322704372919X-RAY DIFFRACTION97.1977329975
3.3885-3.46180.2394406042581510.1870998884852954X-RAY DIFFRACTION97.9495268139
3.4618-3.54190.2270877525681630.1836695862432931X-RAY DIFFRACTION98.5350318471
3.5419-3.62990.2103201393931820.1871293136452989X-RAY DIFFRACTION98.8774555659
3.6299-3.72740.2177662567551570.1778157798192940X-RAY DIFFRACTION99.072296865
3.7274-3.83640.238813071151740.175601922483011X-RAY DIFFRACTION99.0976975731
3.8364-3.95930.241260764851870.1870066593952924X-RAY DIFFRACTION99.076433121
3.9593-4.09960.2129874546591620.1880012348552999X-RAY DIFFRACTION99.1841857546
4.0996-4.26220.2264108606971760.1772934038482953X-RAY DIFFRACTION99.1130820399
4.2622-4.45410.2133829727611900.158794319922973X-RAY DIFFRACTION99.1846973973
4.4541-4.6860.1830687977231950.1482809313422925X-RAY DIFFRACTION99.1105463787
4.686-4.97530.1839223708641230.1363683680642989X-RAY DIFFRACTION99.2663476874
4.9753-5.35250.1839968821831530.151929784053028X-RAY DIFFRACTION99.4373241638
5.3525-5.87850.1922868199462110.1689089597432960X-RAY DIFFRACTION99.4043887147
5.8785-6.70050.2172432871852250.1710206620572900X-RAY DIFFRACTION99.5539980886
6.7005-8.33720.1900622081461970.1700098734422993X-RAY DIFFRACTION99.6563573883
8.3372-19.89104274570.1970338177651250.1819086568962987X-RAY DIFFRACTION98.6370839937

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る