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- PDB-7eqe: Crystal Structure of a transcription factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqe
タイトルCrystal Structure of a transcription factor
要素TetR/AcrR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor
機能・相同性DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / regulation of gene expression / DNA binding / TetR/AcrR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Streptomyces griseoluteus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Uehara, S. / Tsugita, A. / Matsui, T. / Yokoyama, T. / Ostash, I. / Ostash, B. / Tanaka, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The carbohydrate tail of landomycin A is responsible for its interaction with the repressor protein LanK.
著者: Tsugita, A. / Uehara, S. / Matsui, T. / Yokoyama, T. / Ostash, I. / Deneka, M. / Yalamanchili, S. / Bennett, C.S. / Tanaka, Y. / Ostash, B.
履歴
登録2021年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TetR/AcrR family transcriptional regulator
B: TetR/AcrR family transcriptional regulator
C: TetR/AcrR family transcriptional regulator
D: TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3424
ポリマ－89,3424
非ポリマー00
水00
1
A: TetR/AcrR family transcriptional regulator
B: TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6712
ポリマ－44,6712
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
2
C: TetR/AcrR family transcriptional regulator
D: TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6712
ポリマ－44,6712
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.790, 53.130, 102.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量: 22335.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoluteus (バクテリア)
遺伝子: E5082_18205 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Z1DIH6
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: HEPES-NaOH, polyethylene glycol 4000, isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→47.943 Å / Num. obs: 65417 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.51 % / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 7.39
反射 シェル解像度: 2.399→2.54 Å / Num. unique obs: 10421 / Rsym value: 0.953

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.399→47.943 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 3268 5 %
Rwork0.2405 62116 -
obs0.2418 65384 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 197.57 Å2 / Biso mean: 63.4666 Å2 / Biso min: 24.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.399→47.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5453 0 0 0 5453
残基数----706
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3991-2.43490.38441350.3938250193
2.4349-2.4730.37951410.35352694100
2.473-2.51350.40321450.34332727100
2.5135-2.55690.3181370.33392667100
2.5569-2.60330.38181470.32112769100
2.6033-2.65340.29891450.31122714100
2.6534-2.70760.341430.30752679100
2.7076-2.76640.33751460.31242705100
2.7664-2.83080.32191420.31252723100
2.8308-2.90160.3441420.32512677100
2.9016-2.980.38081440.34332771100
2.98-3.06770.38641410.32472678100
3.0677-3.16670.33941440.28352743100
3.1667-3.27980.27971460.28162703100
3.2798-3.41110.31631400.25392688100
3.4111-3.56630.24491420.2427276199
3.5663-3.75430.2181410.2281266999
3.7543-3.98940.24921410.21492712100
3.9894-4.29720.22581410.19322704100
4.2972-4.72930.20771400.18362713100
4.7293-5.41290.23911410.1972708100
5.4129-6.81650.27521440.23212712100
6.8165-47.9430.18321400.1681269899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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