PDB-7eqc: Crystal structure of the mini-centralspindlin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eqc

タイトル

Crystal structure of the mini-centralspindlin complex

要素

CYtoKinesis defect
Kinesin-like protein

キーワード

CELL CYCLE / Heterotetramer / Centralspindlin complex / assembly / molecular backbone

機能・相同性

機能・相同性情報

spindle midzone assembly / : / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / pronuclear migration / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / RHOA GTPase cycle / RHOB GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chen, Z. / Pan, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insights into central spindle assembly mediated by the centralspindlin complex.
著者: Pan, H. / Guan, R. / Zhao, R. / Ou, G. / Chen, Z.

履歴

登録	2021年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eqc.cif.gz	356.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eqc.ent.gz	295.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eqc_validation.pdf.gz	499.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eqc_full_validation.pdf.gz	515.7 KB	表示
XML形式データ	7eqc_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	7eqc_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eqbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (4)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (8)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (4)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (7)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (4)
#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (7)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

B: CYtoKinesis defect

C: CYtoKinesis defect

J: Kinesin-like protein

F: Kinesin-like protein

D: CYtoKinesis defect

E: Kinesin-like protein

G: CYtoKinesis defect

I: Kinesin-like protein

120 kDa, 8 ポリマー
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1

B: CYtoKinesis defect

C: CYtoKinesis defect

E: Kinesin-like protein

I: Kinesin-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.9 kDa, 4 ポリマー
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2

J: Kinesin-like protein

F: Kinesin-like protein

D: CYtoKinesis defect

G: CYtoKinesis defect

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.756, 65.406, 75.789
Angle α, β, γ (deg.)	96.420, 92.240, 105.030
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain B and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))
2	1	(chain C and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))
3	1	(chain D and (resid 9 through 91 or resid 93 through 109))
4	1	(chain G and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))
1	2	(chain F and resid 439 through 545)
2	2	(chain I and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))
3	2	(chain J and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	ASN	ASN	(chain B and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	B	A	9 - 24	13 - 28
1	2	1	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain B and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	B	A	28 - 91	32 - 95
1	3	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain B and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	B	A	93 - 109	97 - 113
2	1	1	LYS	LYS	ASN	ASN	(chain C and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	C	B	9 - 24	13 - 28
2	2	1	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain C and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	C	B	28 - 91	32 - 95
2	3	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain C and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	C	B	93 - 109	97 - 113
3	1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain D and (resid 9 through 91 or resid 93 through 109))	D	E	9 - 91	13 - 95
3	2	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain D and (resid 9 through 91 or resid 93 through 109))	D	E	93 - 109	97 - 113
4	1	1	LYS	LYS	ASN	ASN	(chain G and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	G	G	9 - 24	13 - 28
4	2	1	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain G and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	G	G	28 - 91	32 - 95
4	3	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain G and (resid 9 through 24 or resid 28 through 91 or resid 93 through 109))	G	G	93 - 109	97 - 113
1	1	2	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain F and resid 439 through 545)	F	D	439 - 545	18 - 124
2	1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain I and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))	I	H	439 - 459	18 - 38
2	2	2	ILE	ILE	GLN	GLN	(chain I and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))	I	H	466 - 497	45 - 76
2	3	2	SER	SER	GLY	GLY	(chain I and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))	I	H	506 - 545	85 - 124
3	1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain J and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))	J	C	439 - 459	18 - 38
3	2	2	ILE	ILE	GLN	GLN	(chain J and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))	J	C	466 - 497	45 - 76
3	3	2	SER	SER	GLY	GLY	(chain J and (resid 439 through 459 or resid 466 through 497 or resid 506 through 545))	J	C	506 - 545	85 - 124

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CYtoKinesis defect / CYK-4 分子量: 14494.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: cyk-4, CELE_K08E3.6, K08E3.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XUS9
#2: タンパク質	Kinesin-like protein / ZEN-4 分子量: 15438.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: zen-4, CELE_M03D4.1, M03D4.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EG83
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-10% PEG3350, 100mM NaAc 5.0, 100mM tacsimate 5.0, 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39530 / % possible obs: 95.95 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.829 / Net I/σ(I): 21.076
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / Num. unique obs: 3953 / CC_1/2: 0.829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→41.653 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2774	1636	4.14 %
R_work	0.2381	37879	-
obs	0.2397	39515	95.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 197.25 Å² / B_iso mean: 83.5588 Å² / B_iso min: 30.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→41.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6672	0	0	38	6710
B_iso mean	-	-	-	66.14	-
残基数	-	-	-	-	810

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	B	2007	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL
1	2	C	2007	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL
1	3	D	2007	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL
1	4	G	2007	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL
2	1	F	1365	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL
2	2	I	1365	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL
2	3	J	1365	X-RAY DIFFRACTION	12.658	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5-2.5736	0.3789	134	0.3604	3173	96
2.5736-2.6566	0.3988	133	0.3328	3185	97
2.6566-2.7516	0.3316	144	0.3191	3199	97
2.7516-2.8617	0.3116	138	0.2763	3225	98
2.8617-2.9919	0.3253	135	0.2755	3203	97
2.9919-3.1496	0.3299	139	0.27	3206	97
3.1496-3.3469	0.2782	137	0.2492	3186	98
3.3469-3.6051	0.3107	140	0.2395	3238	97
3.6051-3.9677	0.229	134	0.2063	3196	97
3.9677-4.5412	0.2421	134	0.1915	3136	96
4.5412-5.7191	0.2614	136	0.2173	3087	93
5.7191-41.653	0.2576	132	0.2324	2845	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7517	-1.3323	3.324	8.6143	-0.1956	5.6771	0.1781	-2.0234	-0.1428	0.0994	-0.1948	2.0208	0.6376	-1.7606	-0.0997	0.5726	-0.0544	-0.0464	0.9963	0.1294	0.6903	111.1905	168.6526	58.0494
2	2.0633	0.8635	0.3739	2.0585	2.5762	2.1193	0.2394	-0.2317	-2.0017	-1.5072	-0.1773	1.6072	1.5232	-2.5246	0.1365	0.8811	-0.3247	-0.1607	0.9157	0.0315	0.8791	106.735	159.8528	48.5451
3	4.5762	-0.6174	1.0328	4.3021	2.5912	2.8014	1.3068	-1.201	0.1581	2.3934	-1.6167	0.6378	-0.2925	0.3465	0.2483	1.566	-0.3497	0.0701	0.7806	-0.1743	0.7378	102.3053	137.7348	39.7523
4	2.4656	2.9813	0.8735	9.5011	2.6588	2.3526	-0.1244	-0.0615	-1.1079	0.649	-0.0033	0.2959	-0.2884	0.1384	0.1807	0.8299	-0.0514	0.0515	0.6241	-0.0172	0.8983	95.4385	114.9467	26.9981
5	4.4542	2.349	1.3058	2.682	2.1487	1.613	0.036	0.1191	0.0269	0.3339	0.2943	-0.775	-0.3195	0.2407	-0.3443	0.6335	0.1501	0.173	0.559	-0.0392	0.6412	79.3384	84.1907	17.2603
6	6.6296	1.7422	-1.9873	8.8279	0.939	4.6868	0.7424	0.8168	0.3608	0.5557	-0.0441	0.3773	-0.0372	-1.5957	-0.5845	0.4878	0.0575	-0.0752	0.8887	0.1156	0.4955	62.7207	56.2924	17.2428
7	7.4197	1.8543	-0.3146	5.5429	-0.3871	6.669	-0.9241	1.0554	-0.2456	0.0088	0.8243	-0.2167	-0.1594	-0.1677	-0.0786	0.5883	0.078	0.0043	0.5997	0.0511	0.3937	112.9851	171.4963	39.6477
8	2.622	0.9159	1.3666	5.5716	0.9471	3.3794	-0.1052	-0.1561	0.6525	1.4146	-0.2851	2.1749	-0.0085	-0.002	0.429	0.6802	-0.0728	0.3634	0.4633	-0.078	0.9469	93.3228	137.2962	33.5323
9	2.2612	5.4548	-0.3223	2.0681	1.2708	4.2687	0.3188	-0.0755	0.9419	-0.3442	-0.6723	0.5085	-0.9056	0.3927	0.5364	1.0428	-0.0528	0.2333	0.653	-0.0348	1.1891	85.1777	111.0862	29.9811
10	2.1584	1.8181	0.3763	2.2644	1.1642	1.5852	0.311	-0.1518	0.396	1.9429	-0.5463	0.4713	-0.0282	-0.053	0.4096	0.9522	-0.0688	0.0026	0.5306	0.021	0.8548	82.4293	85.167	26.7761
11	2.9936	2.3294	1.4637	2.3501	4.2115	6.0886	0.1586	0.5624	0.5541	0.3605	0.5847	-0.5898	0.1559	0.3667	-0.8609	0.6604	0.0745	-0.1949	0.421	0.0722	0.811	75.42	60.2029	17.6465
12	0.3211	0.0329	-0.9731	2.0143	2.6883	4.9235	0.8468	0.1868	-1.4366	-0.5966	1.877	1.8116	2.3912	-2.7267	-0.9765	1.1804	-0.2505	-0.7715	0.8158	0.0737	1.2952	65.8793	43.3403	10.6737
13	6.7639	-0.7644	1.6422	4.2863	-1.699	8.2492	0.8416	0.6074	-0.4218	-0.4962	-0.2005	-0.2163	0.5556	1.5454	-0.6601	0.6055	0.0738	-0.0738	0.7733	-0.0469	0.4879	59.0319	58.1767	1.5827
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精密化 TLSグループ

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36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain G and resid 98:115)	G	98 - 115
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain I and resid 439:443)	I	439 - 443
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain I and resid 444:458)	I	444 - 458
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain I and resid 459:493)	I	459 - 493
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain I and resid 494:506)	I	494 - 506
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain I and resid 507:533)	I	507 - 533
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain I and resid 534:545)	I	534 - 545
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain J and resid 439:460)	J	439 - 460
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain J and resid 461:478)	J	461 - 478
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain J and resid 479:500)	J	479 - 500
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain J and resid 501:517)	J	501 - 517
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain J and resid 518:536)	J	518 - 536
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain J and resid 537:547)	J	537 - 547

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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