PDB-7epq: Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from Porphyromonas ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7epq

タイトル

Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from Porphyromonas gingivalis in complex with sulfate and magnesium ions

要素

Putative exopolyphosphatase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Polyphosphate / Exopolyphosphatase / Complex / PPX/GppA

機能・相同性

: / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / ATPase, nucleotide binding domain / metal ion binding / Putative exopolyphosphatase

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: The structure of exopolyphosphatase (PPX) from Porphyromonas gingivalis in complex with substrate analogs and magnesium ions reveals the basis for polyphosphate processivity.
著者: Zhang, A. / Lu, Z. / Xu, Y. / Qi, T. / Li, W. / Zhang, L. / Cui, Z.

履歴

登録	2021年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7epq.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7epq.ent.gz	105.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7epq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7epq_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7epq_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	7epq_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	7epq_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2floS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative exopolyphosphatase

B: Putative exopolyphosphatase

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.430, 86.610, 122.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative exopolyphosphatase 分子量: 34204.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア) 株: ATCC 33277 / 遺伝子: PGN_0378 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2RHQ2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.21 M magnesium sulfate heptahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 35284 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.96 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / Num. unique obs: 2275 / CC_1/2: 0.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.18.2-3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FLO

2flo

解像度: 2.2→48.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	-	-
R_work	0.18	-	-
obs	-	35235	99.37 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.11 Å² / B_iso mean: 36.3085 Å² / B_iso min: 17.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4606	0	47	404	5057

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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